교통·에너지·환경세는 휘발유 및 이와 유사한 대체 유류, 경유 및 이와 유사한 대체 유류를 과세 대상으로 하였다. 납세 의무자는 과세 대상 물품을 제조하여 반출하는 자, 과세 물품을 「관세법」(2015년 1월 1일 시행, 법률 제12847호, 2014년 12월 23일 일부개정)에 의한 보세 구역으로부터 반출하는 자, 관세를 징수하는 물품에 대하여는 그 관세를 납부할 의무가 있는 자로 하였다.
과세 시기는 과세 물품을 생산지로부터 반출하거나 수입 신고를 하는 시점으로 하였고, 과세 표준은 과세 물품을 반출하는 시점의 가격, 수입신고를 하는 시점의 가격, 관세를 징수하는 시점의 가격으로 정하였다. 단, 수출 및 군납 면세, 외교관 면세, 조건부 면세, 무조건 면세 등의 예외가 허용되었다.
교통·에너지·환경세는 기본세율과 탄력세율을 적용하였다. 구체적으로 휘발유는 리터당 475원의 기본세율과 529원의 탄력세율을, 경유는 340원의 기본세율과 367.5원의 탄력세율을 적용하였다.
교통·에너지·환경세는 세입의 85.8%가 교통시설특별회계로 편입되고, 14.2%는 지방양여금의 재원으로 사용되었으나, 2005년부터 지방양여금제도가 폐지되어 2007년 기준으로 80.0%가 교통시설 특별회계로, 15.0%가 환경개선 특별회계로, 3.0%가 에너지 및 자원산업 특별회계로 편입되었다.