폐광지원에 따른 생산감축에도 불구하고, 1990-1995 기간중 연탄수요 감소가 연평균 31%에 달하고, 석탄수입도 감소하기는 하였지만 장기계약 등으로 일부가 1996년까지 계속되어 석탄업계의 어려움이 지속되었다. 또한 대규모 탄광을 일시에 폐광하는데 따른 문제의 심각성을 감안하지 않을 수 없었다. 이에 정부는 1994년부터 연산 50만톤 이상 대규모 탄광(`96년부터는 장기가행 탄광)에 대해 생산감축 지원제도를 도입하였다.
또한 1995년에는 장기가행 가능성이 있는 탄광의 육성을 위하여 '석탄산업 종합대책 추진계획'을 수립하고, 동 계획에 의거 선정된 장기가행탄광에 정부지원을 우선하였다.
"석탄광지원사업단"은 석탄광의 폐광시 정리비용을 지원하기 위하여 설립된 기관으로, 동력자원부(현 지식경제부)고시(1981)에 의거 석탄 톤당 100원씩 부과하여 폐광정리기금을 조성하였다. "석탄광지원사업단"을 흡수·통합한 "석탄산업합리화사업단"은 1989년부터 시행된 석탄산업합리화사업의 실행계획을 준비하고 폐광지원사업을 집행하였다. 동 사업단은 폐광지원사업 외에 장학사업, 품질검사사업 등을 주요 업무로 수행하였으며, 근로자 후생복지 및 광산지역 개발사업, 석탄 및 연탄가격 안정사업 등도 담당하였다.
「석탄산업법」의 1988년 개정은 폐광지원에 대한 법적근거를 마련하는데 그 목적이 있었다. 즉 폐광지원대상 기준의 설정, 폐광대책비 지급, 퇴직근로자 대책, 저당권 및 조광권 처리 등을 규정하고 있다. 특히 소요재원 조달을 위해 조성사업비 규모를 BC유 부가가치세액의 6% 상당액에서 12% 상당액으로 대폭 증액시겼다.
폐광지원과 함께 장기가행 탄광의 육성지원 시책도 추진되었으나, 공식적으로 육성탄광이 지정된 것은 1995년부터이다. 이 당시 장성, 도계, 화순, 경동(상덕), 동원(사북), 삼탄(정암), 한보, 태서(태백), 태맥, 성하(마로), 영월 등 11개 탄광이 장기가행탄광으로 지정되었으며, 이들 탄광에 대하여 정부는 가격지원금, 발전용 납탄 배정, 탄광기계화 및 갱도굴진 등에서 우선적인 지원을 시행하였다. 장기가행탄광은 동원, 삼탄, 영월 등이 폐광함에 따라 2004년 8개로 축소되었다.