2006년도 에특회계 세입예산을 보면, 원유 및 석유제품의 수입부과금은 1ℓ당 16원(2006.2.7부터)을 징수하여 10,146억원, LNG 수입부과금은 톤당 15,480원을 부과하여 3,406억원, 등유 판매부과금은 1ℓ당 23원을 부과하여 1,314억원, 부생연료유 판매부과금은 1ℓ당 17원을 부과하여 52억원을 세입에 계상하였다.

또한, LPG판매부과금은 1톤당 62,283원을 부과하여 2,783억원, 가스안전관리부담금은 1㎏당 4.5원(LNG는 1㎥당 3.9원)을 징수하여 LPG와 LNG에서 총 996억원, 출자기관으로부터 배당수입으로 191억원을 세입에 계상하였고, 각종 에너지관련 사업에 지원하고 있는 융자금의 원리금수입 8,306억원, 재특예탁금 이자수입 50억원을 세입에 계상하였다. 세입총계는 2005년 대비 6.1% 증가한 3조 72억원, 투자계정전입금을 제외한 세입순계는 9.8% 증가한 2조 8,489억원이었다.

2006년도 세출예산은 신·재생에너지의 개발·보급, 에너지·자원 기술개발, 에너지절약 및 집단에너지공급 등 지속가능한 에너지시스템구축사업에 9,402억원, 석유비축, 국내외유전개발, 도시가스공급, 석유품질관리 및 가스안전관리 등 석유·가스의 안정공급기반 구축사업에 8,409억원을 편성하였다.

또한, 석탄가격안정대책, 폐광대책 및 폐광지역진흥지구개발 등 석탄산업합리화사업에 5,149억원, 일반광업육성, 광산지역 공해방지 및 해외자원개발 등 일반광업자원 개발사업에 1,527억원, 에너지정책연구 등 기타에너지정책사업에 90억원, 투자계정에서 융자계정으로의 전출금 1,583억원, 예비비를 131억원으로 편성하였다.

지식경제부의 2006년 에특회계 세출총계는 2조 6,310억원이었고, 에특회계 내의 계정간 전출금을 제외한 세출순계는 2조 4,724억원이며, 보건복지가족부의 장애인 LPG차량 연료가격보조 등 타부처 사업비는 3,762억원이었다.