남북관계사에서 분기점을 이룩한 〈남북기본합의서〉는 남북고위급회담이 시작된 지 1년 3개월 만에 구체적인 성과물로 나온 것이지만, 짧게는 남북고위급회담 예비회담이 시작된 1989년 2월 이후 3년, 길게는 「7·4 남북공동성명」이 나온 1972년 이후 19년 만에 남과 북이 이룬 합의라는 역사적인 의의를 가진다.
이와 같은 역사성은 〈남북기본합의서〉 전문에도 그대로 드러나 있다. 전문에는 “분단된 조국의 평화적 통일을 염원하는 온 겨레의 뜻에 따라 〈7·4 남북공동성명〉에서 천명된 조국통일 3대 원칙(자주, 평화, 민족대단결)을 재확인하고, 정치·대결상태를 해소하여 민족적 화해를 이룩하며, 무력에 의한 침략과 충돌을 막고 긴장완화와 평화를 보장하며, 다각적인 교류・협력을 실현하여 민족공동의 이익과 번영을 도모하며, 쌍방사이의 관계가 나라와 나라 사이의 관계가 아닌 통일을 지향하는 과정에서 잠정적으로 형성되는 특수관계라는 것을 인정하고 평화통일을 성취하기 위한 공동의 노력을 경주할 것”을 다짐하고 있다.
〈남북기본합의서〉는 4개의 장(남북화해, 불가침, 교류·협력 등) 25개의 조로 구성되어 있으며, 이를 이행하기 위한 구체적인 방도에 대한 합의를 담고 있는 ‘부속합의서’도 분야별로 3건이 채택되어 있다.
제1장 ‘남북화해’의 주요 내용은 체제 인정, 상호 내정 불간섭, 쌍방에 대한 비방과 중상의 중지, 상대방 파괴전복 행위의 금지, 평화상태가 이룩될 때까지 현 군사정전협정 체제의 준수 등이다. 특히 주목할 것은 〈남북기본합의서〉는 남측이 요구했던 ‘남북합의서가 쌍방이 각기 체결한 기존의 조약·협정에 영향을 미치지 아니한다’는 요구사항을 삭제하고 현 정전상태를 ‘남북 간 평화상태’로 전환시키기 위해 공동노력하며 평화상태가 정착될 때까지 현 군사정전협정을 준수하도록 규정하였다.
제2장 ‘남북불가침’은 무력 침략의 금지, 남과 북의 경계선 및 구역에 대한 합의(‘군사정전협정이 규정한 군사분계선과 지금까지 쌍방이 관할하여온 구역’), 비무장지대의 평화적 이용, 단계적 군축 실현 및 검증 문제 등 군사적 신뢰 조성과 군축의 협의·추진 등을 담고 있다. 또한 “우발적 무력충돌과 그 확대를 방지하기 위하여 쌍방 군사 당국자 사이에 직통전화를 설치·운영한다”는 조항도 포함되어 있다.
제3장 ‘남북교류·협력’은 민족내부 교류로서 자원공동 개발·물자교류·투자 등 경제교류와 협력 추진, 과학·기술·문화 등 제반 분야에서의 교류협력 추진, 이산가족의 상봉 및 방문, 철도·도로 연결, 해로·항로의 개설, 우편·전기통신 및 교류의 비밀 보장 등을 주요 내용으로 하고 있다. 제반 분야의 교류협력 대상에는 환경을 비롯하여 신문·라디오・텔레비전 등의 언론도 포함되어 있다. 각 장의 내용은 다시 부속합의서들에 자세히 부연되었다. 〈남북기본합의서〉는 1992년 2월 19일에 양측의 최고지도자가 인준한 합의서를 교환함으로써 발효되었으며 ‘부속합의서’들은 이후 분과위원회에서 추가적인 논의를 통해 1992년 9월 17일 채택되었다.
〈남북기본합의서〉는 형식면에서 쌍방 최고책임자가 비준한 최초의 정부당국 간 포괄적인 합의문서이며 내용면에서는 남북 관계의 성격을 규정하고 있으며 관계발전을 위한 현실적인 조치들을 망라하고 있다. 〈남북기본합의서〉의 의의를 살펴보면 다음과 같다. (1) 대립과 반목의 남북관계를 청산하고 화해와 협력의 남북관계를 개막하기 위한 실천 강령이었다는 점이다. (2) 특히 전문에서 남북관계를 ‘나라와 나라 사이의 관계가 아닌 통일을 지향하는 특수관계’로 규정하여 분단의 현실을 인정하는 한편 통일 지향 의지를 함께 함축했다는 데 큰 의의가 있다. 즉 분단 상황은 어디까지나 잠정적이고 과도적인 것이며, 통일을 지향하는 노력이 민족의 과제임을 명시했다는 점이다. (3) 남북한이 서로 체제를 인정하지 않고 파괴, 전복의 대상으로 삼아옴으로써 한반도에는 무력침략의 위협이 상존했으나 〈남북기본합의서〉를 통해 쌍방이 평화공존을 약속하여 안정성과 투명성을 높였다는 점이다. (4) 교류협력 문제 우선해결과 정치군사 문제 우선해결 등 그간 남과 북의 화해에 걸림돌이 되어온 쟁점들을 병행하여 협의·처리하기로 합의했다는 점이다.
〈남북기본합의서〉는 분야별 공동위원회 구성 등 그 이행 체계를 다 갖추었음에도 불구하고 북한 측의 일방적인 대화 중단 조치로 결국 실행되지 못하고 말았다. 그러나 〈남북기본합의서〉는 그 이후의 남북관계 전개에 큰 영향을 미쳤고 합의의 기본 틀이 되었다.