1962년 이전에는 정부사업과 관련된 특별회계가 개별적인 특별회계법에 의해 규정되어 왔으나, 1961년 「기업회계예산법」의 제정으로 이들 회계는 이에 의해 총괄적으로 규정되었다. 그때까지 기업예산특별회계법의 적용을 받아온 특별회계는 철도(교통)사업특별희계,통신사업특별회계,전매사업특별회계,양곡관리특별회계,조달특별회계, 그리고 국민생명보험과 우편연금특별회계 등 6개 특별회계이고, 1988년부터 운용되고 있는 특별회계는 조달특별회계,철도사업특별회계,양곡관리특별회계 통신사업특별회계 등 4개 특별회계이다.
「기업예산회계법」은 정부사업의 합리적 경영을 위하여 정부사업의 예산과 회계를 통일적으로 규제하였다.「기업예산회계법」의 적용을 받는 특별회계는 사업 경영성과와 재정상태를 명백히 하기 위해 재산의 증강 및 변동을 발생의 사실에 따라 계리한다고 규정함으로써 현금주의가 아닌 발생주의의 채택을 명백히 하고 합리적인 요금의 책정을 위한 원가계산과 감가상각을 규정하였다.
기업특별회계 내의 개별 특별회계가 본래의 영업활동을 통하여 영업이익을 대부분 발생시키고 있다.특히 전매사업특별회계의 경우 상당규모의 영업이익을 일반회계에 전매익금으로 전출시켜 왔다. 다른 기업특별회계의 경우 영업활동과 관련한 자본적 지출 또는 영업적자의 보전을 위해 일반회계로부터의 전입금, 한국은행으로부터의 차입금,기타 특별회계로부터의 전입금, 공공차관자금 등에 의존하였다. 철도사업특별회계는 일반회계의 전입금에 매년 의존하였으며 조달특별회계와 양곡관리특별회계의 경우 예전에는 일반회계로부터의 전입금에 의존하였으나 최근에는 전혀 의존하지 않고 있으며 통신사업 특별회계의 경우 예전에는 의존하지 않았으나 최근에는 적은 규모나마 일반회계로부터의 전입금에 의존하고 있다 기업특별회계 중 한국은행 차입에 의존한 것은 양곡관리특별회계와 조달특별회계인데, 이들 회계도 1982년 이후부터는 한국은행차입에 더 이상 의존하지 않았다.
철도사업특별회계와 통신사업특별회계의 경우 그 성격상 여타 특별회계로부터의 융자금 그리고 차관자금에 상당히 의존하여 왔다.「기업예산회계법」은 대차대조표계정으로 자산, 자본 및 부채계정을 설정하고, 자본 및 부채는 고유자본, 잉여금, 장기부채, 단기부채, 그리고 기타 필요한 계정으로 구분하고 자산은 고정자산, 유동자산, 그리고 기타자산으로 구분할 것을 규정하였다.