국가재정운용계획은 그 내용으로 재정운용의 여건과 재정운용의 방향,분야별 재원배분계획,재정 관리시스템의 개선 등을 담고 있다.국가재정운용계획에서 가장 핵심적인 부분은 총량 등 재정운용 의 기본방향 및 재원배분 계획으로 경제전망,총수입전망,총지출계획,재정수지 전망 및 5년간의 재원배분 계획을 포함하고 있었다.
지금까지 국가재정운용계획은 모두 6회에 걸쳐 국회에 제출되었다.2004년에 2004-2008년 국가재정운용계획이 처음으로 발표된 이후 2009-2013년 국가재정운용계획이 여섯 번째로 수립·제출되었다. 그러나 그동안의 국가재정운용계획은 취지에 제대로 부합하지 못해왔다고 평가할 수 있다.톱다운(Top-down) 예산제도와 더불어 국가재정운용계획이 도입된 후,정부 개별부처들 간에 자율과 책임이 증대되면서 과거 행해지던 예산 과다요구 관행이 줄어들고 자발적인 세출구조조정이 나타나는 등 일정부분 성과도 있었지만, 국가재정운용계획의 실제적인 운용측면에서는 적지 않은 문제점들이 드러났다.
국가재정운용계획의 내용상 문제점을 살펴보면,먼저 국가재정운용계획의 목표가 명확하지 않고 목표달성을 위한 전략이 미흡한 것으로 나타났다.중기재정운용계획은 재정운용 목표와 이를 달성하기 위한 체계적인 전략이 필요한데,동 계획은 목표가 불분명하고 실효성 제고를 위한 정책수단이 마련되지 않아 경제여건 변화 시의 대응방안에 대한 구체적인 계획이 없는 것이 문제점으로 지적되었다.
국가재정운용계획은 예산안과 함께 국회에 제출되고 있으나 예산안과는 달리 국회의 심의를 받지는 않는다. 또한 제도적으로 계획의 달성여부에 대한 구속력이 없기 때문에 행정부는 동 계획의 수립과 운용에 어떠한 제약도 받지 않아, 향후 실효성 제고를 위한 구체적인 방안이 강구되어야 할 것으로 평가되었다.