이 법에서 매장문화재는 조사·발굴보다는 보존·보호를 우선하도록 하고, 국가 및 지방자치단체는 모든 개발사업을 시행·계획할 때에 매장문화재의 훼손을 방지하도록 하는 책무를 지도록 매장문화재의 보호원칙을 규정하였다. 또한 건설공사의 시행자는 해당 건설공사지역의 문화재 매장 및 분포에 관하여 전문기관으로 하여금 조사하게 하여 이를 문화재청장에게 제출하게 하였고, 건설공사 또는 연구의 목적 등으로 매장문화재를 발굴하려면 문화재청장의 허가를 받도록 하였다.
또한 발견 또는 발굴된 매장문화재는 공고 등을 통하여 소유자를 확인하도록 하고, 정당한 소유자가 없는 경우에는 국가에 귀속하도록 하였다. 매장문화재 조사기관은 전문조사인력을 갖춘 국가 또는 지방자치단체의 매장문화재 발굴 관련 기관 또는 대학의 부설연구기관 등으로 한정하며, 문화재 보존조치에 따라 개발사업을 완료할 수 없게 된 경우 국가 또는 지방자치단체가 해당 사업자의 토지를 매입할 수 있도록 하였다.
대통령령으로 정하는 바에 따라 매장문화재가 존재하는 것으로 인정되는 지역은 원형이 훼손되지 아니하도록 보호되어야 하며, 누구든지 이 법에서 정하는 바에 따르지 아니하고는 매장문화재 유존지역을 조사·발굴하여서는 아니 된다. 매장문화재 지표조사와 관련해서는 건설공사의 규모에 따라 대통령령으로 정하는 건설공사의 시행자는 해당 건설공사 지역에 문화재가 매장·분포되어 있는지를 확인하기 위하여 사전에 매장문화재 지표조사를 하여야 한다.
매장문화재 유존지역은 발굴할 수 없다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 문화재청장의 허가를 받은 때에는 발굴할 수 있다. 매장문화재의 발굴허가를 받으려는 자는 제24조에 따른 매장문화재 조사기관으로서 직접 발굴할 기관과 그 대표자, 조사단장 및 책임조사원 등을 적은 발굴허가 신청서와 구비서류를 해당 사업지역을 관할하는 지방자치단체의 장과 문화재청장에게 제출하여야 한다.
3만 평방미터 이상의 건설공사 시행자는 건설공사의 계획단계에서 매장문화재 지표조사를 실시하여야 하며, 지표조사 결과 건설공사 사업구간 내에 매장문화재 유존지역(매장문화재가 분포하는 것으로 인정되는 지역) 중 터파기 공사 등으로 형질변경이 이루어지는 사업구간에 대해서는 발굴조사 등의 조치를 이행하여야 한다.
따라서 해당 건설공사가 착공된 이후에도 지표조사를 통해 확인된 매장문화재 유존지역에 대해서는 건설공사 시행자가 공사가 완공되기 이전까지 모니터링을 실시하여 매장문화재 유존지역이 해당 건설공사에 훼손되지 않도록 법률적 근거를 마련하는 것이 필요하여 이와 관련한 항목을 신설하였다.