면허 우선순위는 매우 민감하고 중요한 사안으로서 1953년 「수산업법」 제정 당시부터 규정하고 있었다. 즉 제정 「수산업법」 제27조 제1항에 의하면 어업면허의 우선순위는 그 신청한 어업과 동종어업에 경험이 있는 자, 연안어업으로 전호 이외의 어업에 경험이 있는 자, 가타의 순으로 어업면허를 받을 수 있도록 하고 있다. 그리고 제2항에서는 위의 우선순위가 동일할 경우 그 신청한 어업의 어장에서 경험이 있는 자, 기타의 순으로 면허를 하도록 하고 있으며, 제3항에서는 제2항의 자격까지 동일할 때 노동조건, 당해 어업의 경영에 지선어민이 참가하는 정도, 당해 어업에 대한 경험의 정도와 자본 및 기타 경영능력, 당해 어업에 대하여 그 경영자가 생계를 유지하는 경제의 정도 등을 고려하여 우선순위를 결정하도록 하고 있다.

그러나 당해 어장이 소재하는 그 지선어민의 공동이익을 위하여 필요가 있다고 인정할 때에 그 구역 내에 주소를 가진 어민이 조직하는 법인이 다음 각호의 전부에 해당할 때 위의 규정에도 불구하고 제1순위로 한다 라고 하고 있다. 즉 ① 어업경영을 주목적으로 할 것, ② 구성원의 과반수가 그 신청한 어업과 동종 어업에 경험이 있거나 또는 당해 어업의 면허가 타인에게 처분될 때에 종전의 생계를 잃게 될 때, ③ 구성원의 3분의 1이 그 경영하는 어업에 상시 종사하는 자일 것, ④ 구성원 중에 상시 종사하는 자의 출자액이 총 출자액의 3분의 1 이상일 것, ⑤ 1 구성원의 출자액이 구성원의 평균출자액의 3배를 초과하지 아니할 것, ⑥ 구성원은 각각 1개의 의결권을 가질 것 등이다.

이러한 면허 우선순위는 이후 몇 차례의 개정을 거치는데 우선 1971.1.22의 제7차 「수산업법」 개정에서는 면허기간의 만료와 동시에 어업권이 소멸하는 것으로 하되, 동일한 어장에서 새로운 면허를 할 때에는 종전의 어업권자에게 우선적으로 면허를 하도록 하였고, 1975.12.31의 제9차 「수산업법」 개정에서는 어촌계를 공동어업 면허의 최우선순위로 하였다. 1990.8.1의 제13차 「수산업법」 개정에서는 기술이 보편화되고 공동관리가 용이한 양식어업은 어촌계에 우선하여 면허함으로써 대다수 연안어민의 소득향상을 도모하였다.