금융조합은 광복 이후에도 농업금융의 중심에서 신용사업뿐 아니라 각종 정부의 대행사업을 담당하게 된다. 즉 금융조합은 생필품 구매, 보관, 배급 등과 비료, 정부양곡업무를 담당하여 정부대행업무를 취급하게 되었으나, 신용업무는 위축되어 농업금융은 위축되게 되었다. 1955년부터 농업신용제도 개편에 관한 논의가 활발해지고 미국도 존슨안과 구퍼안으로 2개안을 우리나라 정부에 제출하고, 이에 따라 정부의 각종 안이 검토된 결과 금융조합과 동연합회는 해산된다는 방침이 서게 되었다. 정부는 농업은행법을 제정하기로 하였으나 영농기인데도 입법이 늦어져 과도적으로 은행법에 의거한 일반은행으로서 농업은행을 설립하였다. 정부는 그 다음 해인 1957년에 농업협동조합법과 특수농업은행법을 국회에서 통과시키고 농업은행이 특수은행 농업은행으로 재출범하게 되었다.

 

현재의 농업협동조합은 1961년 새로 제정된 농업협동조합법에 근거하여 농업은행과 구농업협조합이 통합되어 설립된 것이다. 금융조합에서 신용사업이 분리되어 1956년 농업은행이 은행법에 의해 설립됨에 따라 경제사업은 (구)농협협동조합이 담당하게 되었다. 

그런데 군사정부가 여러 특수은행을 신설하면서 농업은행의 신용업무와 농협협동조합의 경제사업을 통합하여 새로운 농협협동조합을 1961년 8월 설립함에 따라 나타난 것이 오늘날의 농협협동조합이고 그 중앙조직이 농협협동조합중앙회이다. 정부는 당시 농업협동조합이 신용사업 탈락, 사업기반의 약화 및 정치의 지나친 개입 등으로 그 기능을 제대로 발휘하지 못했고, 농업은행과 협조하여 농촌의 발전과 농민의 경제적 사회적 이익을 증진시켜야 함에도 불구하고 그 역할을 다하지 못하고 있다는 점을 내세워 두 기관을 통합하여 농업은행의 신용사업을 기반으로 하여 판매, 구매, 공제, 지도 등 농협의 각종사업에 활력을 부여하고자 하였다.

농협중앙회, 단위조합 및 특수조합은 각각 독립된 법인체로서 회원 및 조합원을 위한 생산 및 생활지도사업, 구매사업, 판매사업, 신용사업, 이용사업, 공제사업, 의료사업 등을 영위하고 있다. 이중에서 은행업무에 해당하는 것은 조합원 및 비조합원으로부터 예금. 적금을 예치하여 이를 대출하는 것이 신용사업이다. 그런데 농업협조합법에 의거하여 중앙회의 신용사업은 비조합원과의 자금거래도 포함하고 있는 반면에 단위조합의 경우는 그 거래대상이 원칙적으로 조합원에 한정되어 있다. 따라서한국은행법 및 은행법에서는 중앙회의 신용사업부문만으로 은행금융기관으로 규정하고, 단위조합의 신용사업은 신용협동조합법에 의한 상호금융으로 분류하고 있다. 

농협중앙회의 신용사업부문은 일반여수신, 지급보증업무, 내국환 및 외국환 업무는 물론 상호부금, 팩토링, 환매조건부 채권매도, 국공채 등 유가증권 투자, 신탁 및 신용카드업무 등 일반은행과 거의 동일한 업무를 취급하고 있으나, 자금조달에서 재정자금의 의존도가 높고 자기자금 5배 이내에서 농업금융채권을 발행할 수 있고, 자금의 운용에 있어서는 회원조합이 예치한 상환준비금 및 여유자금은 독립회계로 운용하여야 한다는 점에서 차이가 있다.

1961년 농업협동조합법에 의거하여 출범함 농업협동조합은 이전에 신용사업을 전담하는 농업은행과 경제사업을 담당하는 농협협동조합이 통합되어 출범한 것이므로 새로운 농업협동조합은 이 조직의 사업성과를 높이고 농촌경제 향상을 위해 입체적인 지원체제를 갖추고 종래의 농업은행이 전담하던 신용사업도 겸영하기로 하였다. 농업협동조합은 신용사업을 기반으로 구매, 판매, 공제, 지도 등의 각종 사업을 겸영하는 종합농협으로서 신용사업과 경제사업의 유기적 관련성을 높이고, 신용사업은 기본적으로 조합금융의 틀을 유지하되 정부와 관계를 강화하여 정책금융도 강화하기로 했다.

새로 출범한 농협은 각종사업의 다양화, 사업내용의 다양화, 사업방식의 개선 등을 통해 농협을 활성화하고 농민의 지위향상과 농촌개발에 크게 기여하고자 하였다. 이 농협은 조직기반을 강화하기 위해 이동조합의 설립과 조합원 가입을 확대하였다. 그러나 이동조합의 영세한 규모, 사업능력의 부족, 농민의 저조한 참여 등으로 경제사업활동이 침체되고 신용사업만 활발하게 되었다. 1970년대 들어와서 농협은 이동조직을 통합하여 규모를 확대하였고, 새로이 상호금융을 도입하여 조합금융을 활성화하고, 연쇄점을 설치하여 농촌생활물자의 유통에 기여하였다. 농협은 1971년부터 농사자금융자, 비료 및 농약공급 공제사업 등 군조합의 대농민 기본업무를 단위조합에 이양하였다. 농협은 이동단위의 협동조합을 중심으로 내부조직을 육성하고 이를 통해 농민의 참여를 유도하고, 단위조합이 농촌개발사업을 주도하도록 하고, 농협의 판매사업을 확대하여 농산물시장 점유율이 높아지도록 하였다. 농촌의 신용사업도 양적으로 확대되고 융자제도도 크게 개선되었다. 1960년대에는 융자재원에서 정부재정자금 및 한은차입금 외부자금의 의존도가 높았으나, 1970년대 고미가정책 이후 예수금의 급신장으로 자체자금이 확대되고 농가의 저축여력이 확대되어 농협자금의 자급도가 크게 높아졌다. 1960년대에는 단기자금이 주축이었으나, 1970년대에는 중장기자금이 큰 비중을 차지하고 농협자금의 자립도가 높아졌다. 1980년대에는 축산지원부문을 분리하여 축산업협동조합 및 동 중앙회로 이관하는 한편 종래 중앙회의 회원으로 독립된 법인격을 가지고 있던 시군조합을 중앙회의 자체조직으로 흡수하는 등 조직을 정비하였다. 

1990년 4월부터는 농어촌지역에 저리의 중장기자금을 체계적으로 공급하기 위해 기존의 농어촌지역개발기금, 농어촌후계자육성기금 등을 통합하여 농어촌발전기금을 관리 운용하는데, 주로 채권발행과 차입금 등으로 자금을 조달하여 농어촌발전과 농수산업의 구조조정 등에 필요한 대여금으로 운용하고 있다.1997년 외환위기 이후 금융부문의 구조조정에 실시되면서 그 대상이 농협, 축협, 각종 협동조합으로까지 확대되었다. 2000년 7월에는 축산업협동조합 및 인삼협동조합이 농업협동조합으로 통합되었다. 중앙회의 신용사업과 경제사업이 분리되는 방안이 추진되었으나 예정과 달리 추진되지는 못했다.