정부는 1994년 이후「지하수법」을 제정, 시행하고 국가적인 차원의 관리를 실시하고 있으나 전담조직 및 인력 미비, 투자 부족 등으로 체계적인 관리가 미흡하였고 지하수의 부존 및 산출특성에 대한 지역별 기초조사와 지하수에 대한 장기 관측 자료의 부족으로 지하수 부존 특성을 고려하지 않은 일부 무분별한 지하수 개발과 많은 폐공이 발생하는 등 지하수의 고갈과 수질 악화를 초래하여 체계적인 지하수 개발·이용 및 관리가 시급히 요청되었으며, 지하수의 소유권에 대한 명확한 개념 규정 미비는 국민의 대다수가 지하수를 사수(私水)로 인식하게 하여 지하수 개발의 남발 및 폐공 방치를 초래하였고, 지하수에 대한 사회 전반의 관심과 인식이 증대하고 다양해짐에 따라 사회구성원간의 조화를 도모하고 다양한 의견을 포괄적으로 수용할 수 있는 지하수관리계획의 수립이 필요하게 되었다.

1993년 12월 10일「지하수법」이 제정되었으며 1996년 12월 지하수관리 기본계획을 수립하였다. 1997년 1월에는 허가제 도입 등으로 「지하수법」이 개정되었고 1999년 3월 「지하수법」법 개정을 통해 행정규제를 완화하였다. 2000년 8월 지하수관리 기본계획 보완 수립에 착수하였으며 2001년 1월에는 지하수법 개정을 통해 오염지하수 정화 등의 수질관리 강화를 추진하였다. 2001년 11월 지방자치단체 및 지하수조사전문기관 의견 수렴을 거쳐 2002년 2월 중앙 관계부처의 협의를 완료하였다. 2002년 7월 환경부 “지하수 수질관리 및 정화계획(안)”이 건교부(현 국토해양부)에 통보되고 11월 지속가능발전위원회 사전검토와 12월 중앙지하수관리위원회 심의가 완료되었다.

1. 지하수 오염 사전예방 정책 강화

법에 따라 지하수 오염원에 대한 감시‧규제를 강화하여 주요 지하수 오염원에 대한 GIS-DB 구축과 주요 지하수 오염시설에 대한 오염방지시설 설치가 의무화되었으며, 지하수 오염시설 주변에 지하수 수질감시정 설치의 의무화와 지하수보전구역내 오염시설 입지제한 및 오염행위 규제를 강화하고 지하수 오염시설에 관리책임자 지정 및 정기교육을 실시토록 하였다. 방치페공 관리 체제 개선을 위해 국가 차원의「폐공관리 기본계획」이 수립 추진되었고, 지하수 폐공신고 포상금제를 도입하여 불법 폐공 신고자에게 포상금을 지급하며고 있으며, 폐공예치금제 , 페공보증보험제도 도입을 검토하였다.

2. 오염 지하수의 원상회복을 위한 복원정책 강화

‘지하수 오염원인자 부담금’ 제도의 도입을 통해 특정 지하수 오염시설(주유소, 폐기물처리시설, 광산 등) 소유자 또는 관리자, 지하수 오염물질(농약, 비료 등) 생산자에게 부과할 수 있다. ‘지하수 이용 부담금’ 제도는 일정규모 이상의 지하수 개발‧이용자에게 사용량에 따라 부과할 수 있다. 또한 ‘지하수 보전기금’ 설치로 지하수 오염원인자 부담금, 지하수 이용 부담금을 재원으로 하여 지하수 보전, 페공관리, 지하수 조사‧연구사업에 투자할 자금을 확보할 수 있다.

오염 지하수 복원명령 및 복원사업을 제도화 하여 지하수 오염 행위자에 대하여 지하수 정화사업 시행을 명하는 지하수 복원(rehabilitation) 명령제 도입과 오염 지하수 복원명령을 받은 자는 지하수 복원사업계획서를 시장‧군수에게 제출, 승인을 받아 사업을 시행토록 하였다.

3. 전문적‧과학적인 지하수 관리기반 구축

하수 난개발 방지 및 보전기능 강화, 합리적인 이용정책의 체계적 추진을 위해 환경부에 지하수과를 신설하고 지자체에 지하수 전담부서를 설치하여 지하수 종합관리 광역지자체를 설립토록 하였다. 정부는 지하수 관리정보 인프라 구축을 통해 지하수 부존량, 이용현황, 수질, 폐공자료 DB를 작성하고, 방치폐공을 활용한 지하수 수질측정망 지속적 확대로 인한 폐공일제조사 결과를 바탕으로 관련 계획을 수립하며, 방치 폐공 조사 및 원상복구, 지하수 수질관리, 효율적인 지하수 이용기술 등을 산‧학(産‧學)합동으로 추진하는 외에 지하수 연구인력 확충 및 연구기관간 연구협력 활성화에 노력하였다. 지하수 수질검사 제도 개선 차원에서 수질검사기관의 부족과 검사비용 과다로 인한 검사실적 부족을 해결하고자 민간전문검사기관제도 도임을 추진하였다.