1963년 의료보험법이 처음 제정·공포되었을 당시 보험의료기관은 의료법 제3조에 규정한 의료기관 중 대통령령이 정하는 바에 따라 보험자의 신청에 의하여 보건복지부장관이 지정하도록 규정하고 있을 뿐 약국이 보험환자를 취급할 수 있도록 지정하지 아니하였으나, 약국을 이용하는 경우 요양비의 지급이 가능하도록 동법 제32조에 규정하고 있다.

1976년 12월 22일 개정된 의료보험법 제29조에 약국을 요양취급기관으로 지정할 수 있도록 규정하고 있다.

1981년 7월 1일부터 강원도 홍천군, 전라북도 옥구군, 경상북도 군위군에 제1차 지역의료보험시범사업을 실시함에 따라 그 지역은 전주민이 의료보험을 강제 적용받게 되면 약국경영이 안될 것이라는 문제가 제기되어 의약분업실시에 대한 요구가 대한약사회로부터 있었다. 

1982년 7월 1일 지역의료보험 2차 시범사업지역을 경기도 강화군, 충청북도 보은군, 전라북도 목포시로 결정하였는데, 의료기관보다 약국이 많은 목포에서 약국의료보험 문제가 본격 거론되었고, 1984년부터 그해 12월까지 목포시내의 의사, 약사 간 상호계약에 의한 계약제 의약분업이 시도되었다.

전 국민의료보험을 앞두고 1988년에는 국민의료정책심의 위원회에서 의약분업을 4대 정책과제의 하나로 채택하고 의협과 약사회 간에 3단계의 단계별 의약분업실시방안을 합했으나, 1989년 5월 31일 보사부와 의협 그리고 약사회간 3자 최종협상에서 의약분업을 무기한 연기할 것과 약국의 의료보험 참여가 결정되어, 이에 잠정적인 대안으로 1989년 10월 1일부터 약국의료보험을 본격 실시하게 되었다.

우여곡절 속에 1989년 10월 1일 실시된 약국의료보험은 1991년 7월부터 의약분업을 실시한다는 전제 속에 1년 8개월간의 한시적인 소위 ‘한국형 약국의료보험제도’로 시작된 것으로 시행초기에 홍보의 미흡, 관계자의 식도 부족 등으로 당초 예상보다 참여율이 저조하였으나 약국의료보험을 활성화시키기 위한 제도(보건복지부 고시 제93-3호, 1993.2.1)를 개선한 결과 보험급여율을 의원급 외래수준으로 끌어 올리고 약사회의 적극적인 제도참여 홍보로 주민이용이 크게 늘어 약국의 청구와 보험급여율이 해마다 증가하고 있다.

1989년 7월 1일 전 국민의료보험 실시를 앞둔 1988년 4월 27일 보건복지부내에 국민의료정책심의위원회를 발족시켜 의료보장분과 의료제도분과, 한방의료분과 및 의약분업분과를 설치하여 의약분업에 주요 골자를 결정하였다.

첫째, 1989년 전 국민의료보험 실시를 계기로 약국을 의료보험 요양취급기관으로 지정한다. 약국을 의료보험에 참여시킴으로써 의료보험제도내에서 부분분업을 실시한다. 

둘째, 분업대상 요양취급기관 및 대상 환자는 의원 치과의원, 보건소 및 보건지소의 외래환자로 한다. 

셋째, 원외처방에 의해 약국에서 약제급여를 받는 경우가 원내처방에 의해 의사로부터 직접약제급여를 받는 경우보다 환자본인부담금이 적도록 차등을 두어 의약제도의 변경에 따른 국민의 불편의식을 없애도록 한다. 

넷째, 원외처방료를 적정수준으로 설정하여 의사의 자발적인 처방전발급을 유도하며 약사의 조제료를 적정수준으로 설정한다. 

다섯째, 1989년 2월말까지 대한의약협회와 대한약사회 양 단체 사이에 보다 합리적인 다른 방안이 합의될 경우 이를 수용하되 그렇지 못할 경우 위의 기본방향을 제 1단계분업방안으로 시행한다. 이와 같은 국민의료정책심의위원회의 합의에 따라 1989년 2월 보건사회부는 의약분업 시행안을 발표했다.

1989년 보건복지부는 의협 및 약사회와 협의를 통해 9월 16일에 약국의료보험법 시행방안을 확정하여 10월 1일부터 실시하였다. 약국 의료보험의 의의는 의약분업의 실시로 직접 조제투약에 대해 의료보험이 적용되었다는 점에서 결과적으로 찾을 수 있는데, 약국 의료 보험 실시에 따른 의의를 살펴본다면 다음과 같다. 

첫째로 1977년 의료보험 시행 이후부터 줄곧 쟁점이 되어 온 약국의 의료보험 참여문제가 일단락되었다. 

둘째로는 대중투약에 따르는 가벼운 질환의 약물치료 경로가 보다 넓게 개방되었다.

셋째로는 약국의 조제투약기능이 제도적 측면에서 독자적인 영역을 확보했다는 점이다. 

넷째로는 미결의 장으로 남아 있는 의약분업에 직접적인 영향을 주는 전단계의 제도로 부각되어 있는 사실이다. 약국의료보험이 성공할 경우와 실패하는 경우에 따라 의약분업정책이 좌우될 수 있음은 물론이고 이 제도의 경험여하에 따라서 의약분업 시행방법의 세부적 부분에 까지 영향을 미칠 수 있기 때문이다. 약국 의료보험은 의약분업과 불가분의 관계에 있는 것으로 약국 의료보험의 활성화는 의약분업의 사전 정지작업이 될 수 있다. 

다섯째로는 보건분야에서 뿐만 아니라 사회적 기여도 측면에서 국민보건이라는 공공의 이익에 기여한다는 약국의 역할과 기능이 새롭게 평가되는 계기를 부여 받았다.