진흥원은 진흥원장과 이사회/감사 5개의 본부(혁신기획실, 산업전략본부, 게임문화진흥본부, 유통개선추진단, 게임아카데미)와 산하 8개의 팀(전략혁신 T.F.T 경영지원T.F.T, 산업진흥팀, 산업정책팀, 게임문화 정책팀, 게임문화진흥팀, 사후관리T.F.T, 게임아카데미팀)으로 구성되어 있다. 혁신기획실은 전략혁신 T.F.T과 경영지원T.F.T로 구성되어 있으며, 진흥원의 중장기 경영전략 수립과, 경영혁신 계획 수립 및 혁신·성과 평가, 예산 편성 및 집행, 감사, 홍보 및 대외협력, 인사, 회계, 총무, 구매·계약, 시설관리, 진흥원 내 지식자원 및 업무 정보화 관리 등 기타 타 본부 소관에 속하지 아니한 사항, 정보 공개 제도 운영 및 민원처리를 담당하고 있고, 산업진흥팀과 산업정책팀으로 구성된 산업전략본부는 게임산업의 중장기 전략수립, 게임산업 정책현안 연수 및 동향분석, 2010 게임산업 전략위원회 운영 지원, 게임백서, 게임산업저널, 게임트랜드 발간, 게임산업종합정보시스템 및 게임도서관 운영, 게임학회 지원사업 성과관리 등 전 각호의 부대업무를 담당하고 있다. 또한 게임문화진흥본부는 게임문화정책팀과 게임문화진흥팀으로 구성되어 있으며, 이는 게임문화 건전화 및 문화진흥사업, 게임역기능 예방 및 대책, e스포츠 인프라 강화 및 제도정착, e스포츠 국제협력 강화, 국제게임대회 지원, 한국게임산업협회·한국e스포츠협회 지원사업 성과관리 등 전 각호의 부대업무를 담당하고 있으며, 유통추진개선추진단은 경품용 상품권 지정 관련 업무, 종합관리시스템 구축 및 운영, 게임문화진흥기금 조성 및 관리, 경품용 상품권 신고센터 운영 등 전 각호의 부대업무를 담당하고 있다. 마지막으로 게임아카데미팀을 산하부서로 하는 게임아카데미본부는 게임전문인력 교육 및 양성, 게임 원격교육시스템 운영, 지역 게임아카데미 및 GRC 운영 등 전각호의 부대업무를 담당하고 있다.