종교문화의 주요정책 내용은 크게 5가지로 나눠볼 수 있다. 

첫째, 종교간 화합 및 종교계 문화활동 지원, 둘째, 종교시설의 여가문화공간 활용, 셋째, 전통 종교 문화유산의 보존 및 활용성 제고, 넷째, 선교 및 포교사 대상 우리 문화 소개 프로그램 운영, 다섯째, 남북 종교 교류이다. 

종교 문화유산 보존은 2006년 6월 「전통사찰보존법시행령」개정으로 역사문화보존구역 지정 및 개발사업 사전심의절차 신설을 통해 전통사찰의 수행환경, 역사적 가치 등을 보존하기 위한 제도적 기반을 마련하였다. 또한 「향교재산법」개정(2006년 11월 30일 본회 의결)을 통해 유림대표를 규정하고 향교재산 처분의 허가기준을 명확히 하였다. 

종교시설의 여가문화공간을 활용한 정책 사례가 가장 두드러진 성과를 보였다고 평가되고 있는데, 사찰을 가진 우수한 자연환경 속에서 자기성찰과 휴식, 가장 한국적인 정신문화 체험을 할 수 있는 산사체험인 템플스테이는 2002년 월드컵 때부터 시범 운영하여 해를 거듭할수록 내·외국인으로부터 호평을 받고 있다.

전통문화 체험 프로그램 활성화를 통해 지역주민의 문화 향수권을 신장하고 주 5일제 정착에 따른 향교·서원의 지역거점 문화공간화를 유도하기 위해 2003년부터 시범향교 운영 및 선비문화 체험 연수를 지원하고 있다. 또한 사찰, 성당, 교회 등을 이용한 지역주민의 문화공간화 사업의 일환으로 월정사·백양사 산사음악회, 인각사 일연문화축제, 경동교회·명동성당 음악회 등의 문화행사에 대하여 2006년에만 총 70여 회의 지원사업을 실시하였다.

선교 및 포교사를 활용하여 우리문화 홍보 및 국제 종교 교류를 증진하기 위해서, 선·포교사를 대상으로 우리 문화소개 프로그램을 운영하고 있으며, 한국·이라크 종교교류협력과 같은 각종 국제 종교교류 활동을 지원하고 있다.

종교간 화합을 증진하고 건전사회활동을 보다 적극적으로 지원하여 국민화합을 도모할 것이며, 사라져가는 전통종교와 문화유산 보존을 위해 다양한 방법을 모색하여 종교문화자원을 보존하고 현대적 문화공간의 장으로 활성화하여 계승하는데 힘쓰고 있다. 또한 남북간 종교교류 활동지원 및 국제 종교교류의 지원을 통해 우호를 증진하고, 우리 문화를 홍보하는 등 국가이미지 제고에도 꾸준히 힘쓸 예정이다.