자치조직권의 내용 중 하나인 정원관리권의 경우 「지방자치단체의 행정기구와 정원기준에 등에 관한 규정」(대통령령 제19824호)에 의해 많은 제약을 받고 있다. 동 규정에서는 행정기구 설치 수는 인구기준에 의해 산정되고, 이 범위 안에서만 기구개편․명칭변경․사무분장 등 자율운영이 가능하다. 초과되는 지방행정기구의 신․증설과 정원은 행정안전부장관의 사전승인 후 시행되고 있다.

2. 자치조직권 강화의 일환으로서 총액인건비제

총액인건비제는 자치단체가 행정기구 및 정원을 행정자치부가 산정․통보한 ‘총액인건비 기준액’을 가이드라인으로 자치단체의 행정기구 및 정원을 자율적으로 관리하는 제도로서, 법령상의 기구설치 및 정원책정기준, 행정안전부장관의 기구 및 정원 승인권 등 중앙의 통제를 폐지하며, 자율성 확대에 따르는 책임성 확보를 위해 지방의회의 통제 확대, 조직평가․진단제도 도입, 인센티브 부여 등을 주된 내용으로 하고 있다.

3. 자치조직권 강화의 기본방향

가. 시도와 시군구의 역량에 적합한 조직관리권의 이양을 이행하여야 한다.

광역자치단체와 기초자치단체간에는 인구규모와 행정조직체계 및 수행기능의 차이가 존재하기 때문에 필요하다면 이양수준을 달리 규정할 수 있어야 한다.

나. 자치행정의 책임성과 조직운영의 자율성이 상호 조화될 수 있어야 한다.

자율적인 조직운영권을 광범위하게 허용한 상태에서 책임성 확보를 위한 장치를 양과 질 측면에서 지나치게 확보하거나 아니면 어느 한쪽이 불균형하게 설정되면 자치조직권 강화라는 본래 취지에 어긋날 수 있기 때문이다.

다. 자치조직권의 강화가 주민 부담 및 국가경제 부담을 증가시키지 않아야 한다.

자치조직권 이양으로 지방자치단체의 인력 증가 및 행정기구 수 증가로 나타나서 총액인건비규모의 상승이 야기되지 않아야 한다.