감사원법 법률 제8132호 (일부개정 2006.12.28) 제20조~제28조

1988년 제6공화국 이후 문민정부에 이르기까지 공직자 및 공직기관의 투명성과 책무성, 신뢰받는 정부 구현 등 깨끗한 공직자상 정립, 자율적 책임행정 풍토 조성, 부정부패 척결과 동시에 공직기강 확립을 위하여 사정업무를 불합리한 제도와 관행을 시정, 개선해 나가는 방향으로 추진하여 발전지향적인 모습을 갖출 것을 강조하였다.

공직기강 확립 분야 감사의 주요 내용으로는 수서지구택지 특별공급실태 감사, 지방세 특별감사, 한약제조시험 관리실태 감사, 한국수자원기술공단 운영실태, 아파트 분양권 취득 등을 위한 위장전입실태 감사, 한보관련 인허가 업무 등 처리실태 감사 등이 있다.

1990년 1월부터 서울시가 강남구 수서, 일원동 일대 자연녹지를 공영개발방식으로 개발하여 택지 공급사업을 추진하면서 특혜의혹이 있다는 대대적인 언론보도가 있자 그 해 2월 서울시와 건설부에 대하여 수서지구 택지특별공급실태 감사를 실시하였다. 이와 함께 1994년 9월 12일부터 11월 20일까지 그 해 9월에 발생된 인천 북구 세무비리 사건에 관하여 관할 시, 군, 구를 대상으로 지방세 징수업무에 대한 자체감사를 실시하였다.

1996년 5월에는 국립보건원 주관으로 시행된, 96년 한약제조시험 출제의 공정성에 대한 의혹제기로 인하여 시험출제 과정의 담합여부 등에 관한 의혹을 해소할 목적으로 보건복지부와 국립보건원에 대하여 한약제조시험 관리실태 감사를 실시하였다.

1997년 2월에는 한국수자원공사의 자회사인 한국수자원기술공단이 1986년 설립 이후 한 번도 감사를 받은 적이 없어 회계업무처리가 부실할 것으로 예상되어 본사와 3개 지방사업소를 대상으로 업무 전반에 대한 일반감사를 실시하였다.

또한 1997년 3월에는 1996년 말 경기도 용인지역의 수지지구 아파트 건설과 관련된 부동산 투기 조짐에 관하여 용인시 수지읍 등 10개 읍, 면을 대상으로 주민등록 일제조사를 실시하고 전산감사기법을 이용하여 위장전입 실태를 감사하였다. 그리고 그해 5월에는 수원, 남양주 등 수도권 지역의 아파트 분양과 관련한 위장전입 실태도 감사하였다. 이 밖에 1997년 5월에는 한보철강공업주식회사와 관련하여 비리의혹이 국정조사 과정에서 제기되어 건설교통부, 재정경제원, 통상산업부, 국세청, 충청남도와 당진군 등을 대상으로 한보관련 인허가 업무 등 처리과정에 대한 특별감사를 실시하였다.