1990년대 초의 1차 북핵위기는 경수로 건설사업 지원, 대북 중유 공급을 포함하는 북·미 제네바 기본합의(Agreement Framework, 1994)로 한동안 진정되었었다. 그러나 북한이 2002년 10월에 북한을 방문한 James Kelly 미국 국무부 동아·태 차관보에게 고농축 우라늄(Highly Enriched Uranium, HEU) 핵개발 프로그램의 존재를 시인함으로써 2차 북핵위기가 발발하였다. 북한의 HEU 핵개발 프로그램의 추진은〈1994 북·미 제네바기본합의〉,「핵확산 금지조약 (Nuclear Non-Proliferation Treaty, NPT)」,「국제원자력기구 (IAEA)의 안전조치 협정(Safeguards Agreement)」및〈한반도 비핵화 공동선언 (1991)〉에 위배되는 것이다.

미국은 2002년 10월 16일에 국무부 대변인 성명을 통해 북한의 비밀 우라늄 농축 프로그램 추진을 발표하면서, 북한이 핵개발 프로그램을 즉각 포기할 것을 요구하였고,한국 정부도 10월 17일 북한측에 대해 핵과 관련된 모든 의무의 준수를 강력히 촉구하였다. 이에 대해 북한은 10월 25일에 외무성 대변인 담화를 발표, 미국의 ‘선 핵개발 계획 포기’ 요구를 거부하고 북·미간 불가침협정 체결을 주장하였다. 2002년 11월 14일에 소집된한반도에너지개발기구(KEDO) 집행이사회는 북한의 의무 위반에 대한 제재로서 12월분 이후 중유공급을 중단할 것을 결정하고 추후 공급은 북한의 대응과 연계시키겠다는 입장을 발표하였다.

그러나 북한은 KEDO의 중유공급 중단 조치를 이유로, 제네바합의에 의해 유지되어 오던 영변 핵시설의 봉인 및 감시 장비 철거를 IAEA에 요구하는 외무성 담화를 2002년 12월 12일에 발표하였으며, 12월 21일부터는 북한 스스로 핵동결 해제 조치를 개시, 5개 동결대상중 5MW 원자로, 방사화학실험실, 핵연료봉 제조공장, 사용후 연료봉 보관 수조 등 4개 시설에 대한 봉인을 제거하고 감시카메라의 작동을 정지시키는 조치를 취하였다. 건설 중지된 상태에 있었던 50MW/200MW 원자로에는 봉인 및 감시카메라가 설치되어 있지 않았기 때문에 실질적으로 모든 동결시설에 대한 IAEA의 감시체제가 붕괴되었다. 2002년 12월 27일에 북한은 사태를 더욱 악화시켜 IAEA 사찰관 추방과 방사화학실험실(재처리 시설) 가동 준비 결정을 발표하였다. 북한은 12월 29일에 미국의 일방적 제네바 합의로 파기로 NPT준수가 불가능해졌다는 외무성 대변인 담화를 발표하고 결국 2003년 1월 10일에 NPT 탈퇴를 선언하였다.

2차 북한 핵위기에 대해서도 김대중 정부는 대화를 통해 평화적으로 해결한다는 입장을 견지하고, 두번의 남북장관급회담과 특사 파견 등 남북대화 채널을 통해 북한 핵문제에 대한 평화적이고도 건설적인 해결을 직접 설득하였다. 다른 한편으로 김대중 정부는〈대북정책조정그룹(TCOG) 회의〉와 APEC에서〈한·미·일 3국 정상회담〉및 IAEA와의 공조에 기초한 외교적 해결에도 주력하였다. 12월에 16대 대통령으로 당선된 노무현 당선자는 김대중 정부의 대북 화해·협력 정책을 발전적으로 계승하여 북핵 문제에 대해 ① 북핵 불용 ② 외교적 해결 ③ 그 과정에서의 한국의 주도적 역할이라는 3원칙을 제시하였다. 북한 핵문제의 평화적 해결을 위한 정부의 노력의 결과로 미국은 북한에 대한 공격 의사가 없음을 여러 기회를 통해 공개적으로 천명하였지만 ‘선 핵프로그램 폐기, 후 대화 재개’의 원칙을 고수하고 대화한다 하더라도 북한 핵문제는 지역문제라는 인식하에 미·북 양자대화가 아닌 다자간 협의를 통해 해결할 것임을 명확히 하였다. 반면, 북한은 핵문제가 미국의 압살정책에서 비롯된 것이라고 주장하면서 미국의 북한체제 안전보장, 북-미간 양자회담에 의한 해결을 요구하였다.

외교통상부,《외교백서》, 2002
통일부,《통일백서》, 2003
우승지,〈북한의 핵전략과 우리의 대응〉《주요국제문제분석》외교안보연구원,2003.9
윤덕민,〈북한의 불가침 요구 평가: 과거 핵협상에서의 북한 행동과 비교〉《주요국제문제분석》 외교안보연구원, 2003. 12