국립환경연구원은 1978년 7월 보건사회부(현 환경부)산하에 신설된 국립환경연구소로 출발하였으며, 1980년 환경청으로 이관되고, 1986년 10월 국립환경연구원으로 명칭을 변경하였으며, 2005년 7월 국립환경과학원 체제로 개편되었다.

국립환경연구원이 맡고 있는 주요 기능은 환경정책 수립지원을 위한 조사연구 및 기술개발, 환경에 관한 각종 기준(안) 마련을 위한 연구, 환경연구에 관한 국내외 자료관리 및 국제공동연구, 환경관련 교육훈련, 환경기술 연구개발 사업의 총괄관리 등이다.  연구사업부서는 공해방지시설업에 종사하는 기술요원을 교육 훈련하는 환경연수부, 대기오염의 처리 및 방지를 위한 연구개발을 담당하는 대기연구부, 수질오염의 처리방지 기술연구와 수질의 미생물학적 연구 및 해양오염 조사 연구를 하는 수질연구부, 환경오염이 인체와 생태계에 미치는 영향과 공해병 치료에 관한 연구를 하는 환경위해성연구부, 각종 폐기물에 관한 조사 및 처리기술 연구를 담당하는 폐기물연구부로 조직되어 있다.

환경부 (http://www.me.go.kr)
국립환경연구원 (http://www.nier.go.kr)
《환경백서》, 2006