「한·중 어업협정」체결은 1992년 8월 한·중 외교관계 수립과 양국의「유엔 해양법협약」비준 및 국내법 정비가 기초가 되었다. 즉 양국 간 외교관계가 수립된 다음 해인 1993년 12월 양국 정부 간 어업협정을 체결하기 위한 실무회담을 시작했는데 전통적으로 우리 수역에서의 조업의존도가 높은 중국이 영해 12해리를 제외하고 그 바깥의 수역에 대해서는 공동어로수역으로 설정할 것을 주장함으로써 협상이 진전되지 못하였다. 

이후 1998년 11월까지 19차에 걸친 끈질긴 협상 끝에 일정 수역을 잠정조치수역으로 설정하고, 그 외측에는 일정 기간 후 연안국의 배타적 경제수역(EEZ)으로 편입되는 과도수역을 설정하는 방안에 합의함으로써 1998년 11월 가서명하기에 이르렀다. 그러나 1999년 3월 중국이 양자강 주변수역에 연중 조업금지수역을 설정하고 이를 우리 어선들도 준수해 줄 것을 요구함으로써 어업협정 체결을 위한 수산당국 간 회담은 다시 교착상태에 빠지게 되었다. 따라서 우리 정부에서는 1999년 6월부터 2000년 8월까지 8차례에 걸친 외교당국 간 회담과 실리를 추구한다는 정책기조하에 양자강 연안에서 우리 어선의 조업권을 협정발효 이후 2년 간 확보한다는 선에서 양자강 조업문제를 해결하고 2000년 8월 3일 정식 서명하게 되었다. 그리고 2001년 4월 5일〈한·중 차관급 회담〉에서 양국간 최대 쟁점사항인 조업유지수역의 범위와 업종별 세부 조업조건을 타결하고 2001년 6월 30일 외교공한을 상호 교환함으로써 「한·중 어업협정」이 정식으로 발효되었다.

「한·중 어업협정」은 16개 조항의 본문과 3개의 부속서 및 양해각서로 구성되어 있고, 협정수역은 어업에 관한 배타적 관할권을 행사하는 배타적 경제수역, 협정발효 4년 후 상대국의 EEZ로 편입되는 과도수역, 공동어로와 공동규제를 하는 잠정조치수역, 현행의 조업질서가 유지되는 현행조업유지수역의 4가지로 구분되고 있으며, 이 외에 입어허가 절차, 긴급피난, 어업공동위원회 개최, 협정 유효기간(5년) 및 종료 등에 대해서도 규정하고 있다. 

협상 발효 당시 타결 내용을 보면, 현행조업유지수역의 남쪽 한계선을 제주 남부의 한·일 중간수역보다 더 남쪽으로 확장한 북위 29도 40분으로 하되, 북위 30도 35분 이남 및 동경 124도 45분 이서의 수역에서는 우리 어선도 하절기 휴어(6.16~9.16까지 저인망 및 안강망어업 조업 금지)를 자율적으로 실시하기로 하였으며 한국측 과도수역 이동의 북위 32도 40분 이북의 수역은 한국의 EEZ로 간주하기로 하였다.

협정 초년도 양국 EEZ 내 조업척수 및 어획할당량은 1년 6개월 기준으로 우리 측이 1,402척, 90,000톤, 중국측이 2,796척, 164,400톤으로 하되 2005년 1월부터는 상호 대등하게 조정하도록 하였다. 아울러 상대국 과도수역에서 조업하는 자국어선의 척수도 우리는 실제 조업척수를 유지하기로 하였고, 중국은 5,500척 이내로 제한하되 2005년 1월 1일부터는 상호 대등하게 조정하기로 하였다.

중국과 체결한 최초의 어업협정으로서 동 협정 체결로 인해 중국어선의 무분별한 침범행위를 단속할 수 있게 되었다.

해양수산부,《수산업 동향에 관한 연차보고서》, 2001
해양수산부,《해양어업백서》, 2004