수산업은 다른 어떤 산업부문에 비해서도 자연재해로 인한 피해를 많이 받는 산업이다. 이것은 어업생산이 주로 바다에서 이루어지는데 바다는 태풍, 폭풍 등에 바로 노출되어 있기 때문이다. 그 결과 자연재해로 인해 어업인들의 생명은 물론 어선이나 주택 등 재산상의 피해도 컸다. 따라서 오래 전부터 국가에서는 자연재해로 인해 피해를 입은 경우 피해복구를 위한 자금을 지원하고 식량을 공급하며 자녀학자금 감면 등의 지원책을 실시해 왔다.

 
아울러 어업인과 국가가 일정한 금액을 조성하여 피해가 발생했을 때 피해액에 해당하는 금액을 되돌려주는 소위 공제사업을 실시해 왔다. 우리나라에서는 1930년대 말 당시 조선수산회가 하급단체였던 각도 수산회와 공동으로 일종의 어선공제사업을 시작한 것이 그 효시인데 어업인들이 일부 공제료를 부담하고 국가와 도에서 일부 금액을 보조하는 형태로 운영되었다.해방 이후 혼란기에는 이 사업이 일시 중단되었고, 1954년에 이르러 재개되었다. 이후 대한수산중앙회에서 이 사업을 시행하였고, 1962년 4월 1일 수산업협동조합이 발족하자 수산업협동조합에서 이 사업을 승계하였다. 

1962년 3월 30일에 공포된 「수산업협동조합법시행령」에 의하면, 공제사업의 종류로서 어선공제, 선원공제, 어구공제, 및 기타 농림수산식품부장관의 승인을 받은 공제로 한다라고 규정하고 있었다. 이렇게 수협에서 수산공제사업을 대행하기 시작했고, 이것은 오늘날까지 계속되고 있다.

정부에서는 어선원 및 어선에 대해 피해가 발생했을 때 적정한 요양과 보상이 이루어지도록 하고 어선주에게는 재해를 극복하여 안정적인 어업을 경영할 수 있도록 하기 위하여 1978년부터 연근해 어선원의 보험료 일부를 국고에서 지원하고 있고, 2001년부터는 어선보험료도 지원하고 있다. 한편 2003년부터는 어선주의 부담능력을 감안하여 어선톤수에 따라 공제료의 지원율을 차등화 했는데 어선원공제 경우 30톤 미만 어선은 50%, 30~49톤은 20%, 50~99톤은 10%를 지원하고 어선공제에 있어서는 20톤 미만의 어선에 대하여 50%를 지원하였다. 

그러나 연근해 어선원 및 어선의 체계적인 재해보상 체계가 미흡하고 어선원에 대한 보험가입이 어선톤수에 따라 「선원법」과 「산업재해보상보험법」으로 2원화 됨에 따라 재해발생 시 신속·공정한 보상이 어렵게 되었고, 이에 따라 2003년 3월 19일「어선원및어선재해보상보험법」을 제정하고 보험사업의 운영을 수협중앙회에 위탁하여 2004년 1월 1일부터 시행해 오고 있다. 2005년도에는 정책보험 시행 2년차로서 보험사업의 조기 정착과 안정에 역점을 두었고, 보험사업의 중요 사항을 심의하기 위한 기구로서 어업재해보상심의위원회와 보험금 지급에 불복하는 자의 심사청구를 재결하기 위해 어업재해보상보험심사위원회를 설치하여 운영하고 있다. 한편 2008년부터는 정책보험의 하나로서 양식재해보험제도를 도입하였다.

수산청,《수산청 30년사》, 1996
해양수산부,《수산업 연차보고서》, 2006
사단법인 수우회, 《현대한국수산사》, 1987
해양수산부,《해양수산백서》 , 2004