그 동안 정부 주도하의 수산자원관리는 어업인의 정부에 대한 의타심을 심화시키고 자원관리에 대한 책임의식을 약화시켜 자원남획 및 어업질서 문란을 야기시키는 등 부정적인 양상으로 나타났고, 정부의 한정된 인력과 예산으로는 효과적인 대응에 한계가 있었다. 또한, 1990년대 이후 WTO체제 출범, UN해양법협약 발효, 주변국과의 어업협정 체결 등은 국내·외 수산업의 여건을 변화시켰고 이러한 어업환경 악화로 인해 정부 주도의 수산자원 관리에 한계가 있었다. 따라서 정부에서는 어업인의 책임의식 제고를 통해 지속 가능한 어업을 실현하기 위해 어장 및 자원의 이용주체인 어업인 스스로가 자율적으로 자원을 관리하고 이용하는 새로운 제도를 도입하게 되었다. 이러한 자율관리어업은 일본에서 오래 전부터 시행하고 있는 자원관리형 어업을 모델로 하고 있으며 2001년 2월부터 자율관리공동체 63개소가 신청하면서 본격적으로 시작되었다.

자율관리어업은 글자 그대로 어업인들이 당해 지역이나 업종에 적합한 어업관리를 스스로 시행하는 것으로서 그 형태는 지역이나 업종에 따라 매우 다양하다. 그러나 한 가지 공통적인 목표는 수산자원을 회복하는데 있다. 자율관리어업은 시행된 지 얼마 되지 않으나 어업인들이 자율적으로 수산자원을 관리하도록 하는 취지에 걸맞게 상당히 긍정적으로 평가되고 있다. 즉 어업인들에게 자원관리 방식의 채택과 관련한 상당한 권한을 부여함으로써 현실성 있는 자원관리가 가능하게 되었고, 자원을 합리적으로 관리할 경우 정부의 지원을 받을 수 있을 뿐 아니라 합리적 관리로 인한 효과로 인해 어업인들에게도 이익이 된다는 확신을 심어주는 중요한 계기가 되었다. 즉 바람직한 방향으로 자율관리를 철저히 할 경우 육성사업비 지원이라는, 이에 상응하는 보상이 뒤따르고 수산자원 회복을 통해 어업소득의 증가를 가져옴으로써 자율관리어업을 더욱 확대하려고 하는 동기를 부여하고 있다. 

그러나 이러한 성과에도 불구하고 일부 전시적인 효과만 가져올 수도 있다는 부정적인 주장도 있고, 참여공동체에 대한 평가결과에 따라 육성사업비 지원을 차등화함으로써 경쟁을 유발할 수도 있으나 공동체간 위화감을 조성할 수도 있다는 지적도 있다. 또한 어업인들이 채택할 수 있는 자원관리수단이 현행 제도의 범위 내로 한정됨으로써 관리효과에 한계가 있을 뿐 아니라 경우에 따라서는 현실과 괴리된 관리방안을 채택할 수 밖에 없다는 문제도 있다.

따라서 앞으로 정부에서는 어업관리를 위해 반드시 지켜야 할 기본적인 사항만 정하고, 이를 실현하기 위한 구체적인 방안에 대해서는 어업인 스스로가 선택할 수 있도록 해야 할 것이다.

해양수산부, 《해양수산백서》, 2004
해양수산부, 《수산업 연차보고서》, 2006