2001년 11월 열린 제4차 WTO 각료회의(카타르 도하)를 계기로 농업, 규범, 비농산물 시장접근(NAMA), 서비스, 환경 등 7개 분야에 걸쳐 WTO/DDA 협상이 시작됨으로써 정부에서는 협상 이후에 대비한 장기대책으로서 ‘농업.농촌 종합대책’과 함께 ‘수산업·어촌 종합대책’을 수립, 발표하였다.

수산업·어촌 종합대책은 2004년~2013년의 10년 간 7개 분야, 69개 세부사업에 대해 총 12.4조 원을 투·융자 한다는 내용을 담고 있는데 이 중에는 국토해양부 소관 사업 외에 농림수산식품부, 보건복지가족부 등 타 부처 소관의 사업도 포함하고 있다. 

본 대책은 풍요로운 바다, 쾌적한 정주환경의 복지어촌 건설이라는 비전 하에 깨끗하고 자원이 풍부한 바다, 자립할 수 있고 경쟁력 있는 전문어업인 육성, 수산업과 다양한 생활이 어우러진 쾌적한 정주환경 조성을 목표로 하고 있다. 한편 이러한 목표를 실현하기 위한 정책방향으로는 다음의 5가지를 설정하고 있는데 첫째, 지속가능한 어업환경 조성과 자율적 어업경영을 통한 어업질서 확립과 경쟁력 향상, 둘째, 소비자 기호를 충족하고 위생적으로 안전하게 관리되는 수산물을 제공하여 소비자와 더불어 사는 어업 구현, 셋째, 수산업의 가치사슬(value chain) 중에서 고부가가치 창출이 가능한 분야를 발굴하여 선택과 집중으로 적극 육성, 넷째, 정책자금의 기회비용을 최소화하는 투융자 정책과 효율적인 배분 시스템의 운용, 다섯째, 지리적 특성과 친환경적 수산자원을 활용하는어촌어항의 개발 등 어업외 소득원을 개발하고 어업인의 기초생활 보장 강화 등이 그것이다. 

본 대책은 7개 분야 69개 세부사업으로 나누어져 있으나 이 중에는 통상적으로 수행해 오고 있는 것이 많고, 특히 WTO/DDA 협상과 큰 관련이 없거나 동 협상 타결 이후 지원이 불가능할 수도 있는 사업이 포함되어 있다. 따라서 WTO/DDA 협상 타결 이후 지원대책으로서 중요한 의미를 가지고 있는 몇 가지 사업에 대한 내용을 구체적으로 살펴보면 다음과 같다. 

첫째, 생산구조 개편을 통한 경쟁력 있는 수산업 실현이다. 이를 위해 연근해어업, 양식어업 및 원양어업에 있어 구조조정을 실시할 계획이다. 

둘째, 소비자 지향적인 수산식품 산업 육성으로서 소비자 지향적 공급체계 구축과 수산식품의 안전성 확보, 거점산지·소비지시장 육성을 통한 유통·물류체계 개선, 수산물 수급시스템의 구축 등이 주요 과제이다. 

셋째, 수산업에 대한 합리적인 지원체제 확보로서 다양한 직접지불제의 도입, 수산정책자금의 지원제도를 개선, 수산정책자금 부채경감대책의 추진, 면세유 등 수산조세 지원체제의 개선, 수산부문 정책보험제도 도입, 수협의 조기 경영정상화 추진 등이 주요 과제이다. 

넷째, 어촌지역 활성화 및 어업인 복지 확충으로서 쾌적하고 살기 좋은 어촌·어항의 종합개발, 어촌관광자원을 적극 개발, 어촌 주민의 복지후생과 삶의 질 향상 등이 주요 과제이다.

해양수산부,〈수산업·어촌 종합대책〉, 2004