「정부혁신추진위원회규정」(대통령령)
「정부혁신지방분권위원회규정」(대통령령)

전자정부특별위원회는 김대중 정부와 노무현 정부의 전자정부 주요 추진체계였다. 김대중 정부 때 부처간 통합 및 연계를 지향하는 전자정부사업의 중심에 있었던 전자정부특별위원회는 노무현 정부가 들어서고 전자정부전문위원회가 그 역할을 대신하게 되면서 사라졌다. 이후 정부혁신지방분권위원회 2기의 출범으로 전자정부전문위원회가 폐지되고 다시 전자정부특별위원회가 구성되었다.
김대중 정부 당시 우리나라 전자정부는 각 부처별 정보화가 보다 활성화되는 단계로 접어들었다. 또한 〈정보촉진기본계획〉과 Cyber Korea 21에서도 중점과제의 하나로 전자정부 구현이 포함되어 추진되었으나 부처 간의 유기적인 조정을 이끌어내는 데는 한계가 있었다. 이를 보완하기 위해 2001년 1월 대통령의 관장하에 민간전문가와 관련 부처 차관으로 구성된 전자정부특별위원회가 설치되었다.
노무현 정부에서는 전자정부 로드맵을 확정 및 추진한 전자정부전문위원회가 속해 있었던 제1기 정부혁신지방분권위원회가 해체되고, 2005년 4월 제2기 정부혁신지방분권위원회가 출범하면서 기획, 평가전문위원회와 다른 특별위원회로서 전자정부특별위원회가 구성되었다.

김대중 정부 시 전자정부특별위원회는 대통령의 각별한 관심과 권한부여 속에 민간전문가(7인)와 당연직 정부위원(10인)이 참여하였고, 대통령의 강력한 권한부여에 힘입어 종전에는 시도조차 하기 힘든 다 부처 관련 사업을 적극 추진하였다. 전자정부특별위원회는 민간위원장이 민간위원과 함께 조정 및 점검,평가 활동을 하였다. 또한, 대통령의 지침에 따라 비서실 정책기획수석이 관여하였으며, 다 부처 사업을 추진하는데 핵심요소인 행·재정 및 인적 자원의 조달과 부처간 조정을 위하여 정보통신부(정보화촉진기금 배정 및 정보기술 지원)와 기획예산처(정부혁신 및 예산배정) 및 행정자치부(조직개편 및 지방자치단체 관리권)가 핵심부처로 참여하였다. 이와 같은 세 부처 간의 실무적 협의,조정 시스템은 다 부처 관련 사업을 원활하게 이끌어 가는데 큰 힘을 발휘하였다.

한편, 노무현 정부의 전자정부특별위원회는 전자정부전문위원회의 역할과 기능을 승계하고 당연직 위원의 위상을 차관급으로 격상하여, 임기 말 까지 〈전자정부 로드맵을 추진할 계획〉으로 구성되었다. 전자정부특별위원회는 김대중 정부의 경험과 선진 국가의 최근 동향을 고려하고, 전자정부사업에 막대한 국민세금이 투입되며, 범부처 및 다부처 사업의 특성상 부처간 조정이 중요하다는 판단에 따른 것이었다. 출범 당시 전자정부특별위원회는 그 설립 및 활동의 법적 근거가 취약한 점이 우려되었으나, 강화된 심의·조정 기능에 대한 높은 기대를 바탕으로 2005년 6월에 출범하였고, 행정자치부, 정보통신부, 기획예산처 등 3개 부처의 차관을 당연직 위원으로 포함하여, 외형상 김대중 정부와 유사한 임파워먼트 체계를 구축하도록 하였다. 위원은 민간 전문가 13인과 행정자치부, 정보통신부, 기획예산처, 국회 차관급, 정부혁신지방분권위원회 기획운영 실장 등 정부측 당연직 5인 등 총 18인으로 구성되었다.

김석주,《우리나라 전자정부사업의 추진방향과 과제》2002 사이버커뮤니케이션학회 추계정기학술대회, 2002
정부혁신지방분권위원회,《참여정부의 전자정부》정부혁신지방분권위원회, 2005