「국가보안법」은 1948년 12월 1일 제정이래 11차례 개정된 바 있고, 그 밖에 헌법재판소의 위헌심판결정으로 약간의 규정이 실효되었다.

정부는 건국 직후인 1948년 12월 1일 법률 제10호로 「국가보안법」을 제정하여 국헌을 문란케 하여 정부를 참칭하거나 그에 부수하여 국가를 변란할 목적으로 결사 또는 집단을 조직하는 불순분자의 처벌을 도모하였다. 1948년 11월 발생한 여순사건을 계기로 남한의 좌익세력의 움직임이 심상치 않다고 판단한 이승만 정부의 요구로 「형법」이 제정되기 전이였지만, 제헌의회에서 통과하여 시행하였다.

1948년 12월 1일 「국가보안법」이 제정된 후, 1949년 12월 19일 제1차 개정(법률 제85호)에서 정부를 참칭하거나 변란을 야기할 목적으로 결사 또는 집단을 조직한 자들에 대하여 사형에 처할 수 있도록 하고, 타인을 모함할 목적으로 「국가보안법」에 규정된 죄로 허위, 고발, 위증, 직권을 남용하여 범죄사실을 날조한 자를 처벌하고, 사상범죄자 중 자기의사에 의하지 않고 반국가결사나 집단에 참여한 자에 대하여 형의 선고를 유예하고, 보도구금하도록 규정하였다. 

1950년 4월 21일 제2차 개정(법률 제128호)에서 단기 4년이하의 「보안법」 위반 사건은 단독부가 심리하고, 구류 갱신은 심급마다 2회를 초과할 수 없게 하여 인권을 보호하였고, 1958년 12월 26일 제3차 개정(법률 제500호)에서 종전의 「국가보안법」을 폐지한 후 전면개정한 법률로서, 북한정권 자체와 그 지령에 의하여 운영되는 단체를 구분하여 규정하였고, 적을 이롭게 할 목적으로 국가의 이익이 되는 모든 정보의 수집을 처벌하는 간첩 개념을 명문화하였고, 정부를 약하게 만들거나 국권을 손상할 언론과 행동으로 사실과 다른 말을 조작하거나 왜곡해서 치안을 방해하거나 민심을 선동하거나 타인의 명예를 손상하는 행위를 벌하여 처벌범위를 넓혔고, 자수시 형의 감면 사유를 규정한 바 있다. 

1960년 6월 10일 제4차 개정(법률 제549호)에서 정부를 참칭하거나 변란할 목적으로 결사 또는 집단을 구성한 자를 수괴, 간부 그 밖의 자로 나누어 처벌하였으며, 반국가단체의 구성원 또는 지령을 받은 자가 목적수행을 위한 행위를 여러 가지로 분류하여 각각 법정형을 달리하였으며, 반국가단체의 불법지배 아래에 있는 지역으로부터 잠입하거나 그 지역으로 탈출한 자를 처벌하여 간첩이 아니라도 북한을 왕래한 자를 벌하도록 하였으며, 「형법」 제51조를 참작하여 2년간 공소를 보류하는 제도를 도입하였다. 

1962년 9월 24일 제5차 개정(법률 1151호)에서 반국가적 범죄를 범하여 유죄판결을 받은 자가 5년 이내에 다시 본법의 규정된 죄를 범한 때에는 법정형을 최고 사형까지 할 수 있도록 하여 형법보다 더 가혹한 누범가중처벌 조항을 설치하였다. 

1980년 12월 31일 제6차 개정(법률 제3318호 전면 개정)에서 성격이 유사하고, 중복된 조문이 많은 「반공법」을 「국가보안법」에 흡수하였다. 

1987년 12월 4일 제7차 개정(3993호)에서 「국가보안법」상 체포 또는 구속된 자 그리고 그 가족에 대하여 고지할 사항을 규정하였고, 「국가보안법」 위반 사범이라도 구속적부심사 신청을 하도록 하여, 인권보장에 노력하였다. 

1991년 5월 31일 제8차 개정(법률 제4373호)에서 「국가보안법」을 해석·적용함에 있어서 국민의 기본적 인권을 최대한 보장하여야 한다는 원칙을 성립하고, 금품수수, 잠입탈출, 찬양고무 등의 죄에 있어서는 행위자가 자유민주적 기본질서를 위태롭게 한다는 점을 알면서 행한 경우에만 벌할 수 있도록 하고, 불고지죄의 성립범위를 반국가단체 구성, 목적수행, 자진지원 등의 죄에 한하여 인정하여 기본권을 보장하기 위해서 노력하였다. 특히, 1992년 4월 14일 헌법재판소는 「국가보안법 」위반 사범에 대한 구속기간 연장이 지나치게 인권을 제약한다고 하여 위헌결정을 하여 동 규정을 무효로 하였다.

이 법은 입법 동기 자체가 여순반란사건의 충격으로 인한 것이었다. 

오늘의 관점에서 보면 정치적으로 좌우의 대립은 당연하고, 자연스러운 것이지만 60년 전 1948년은 우리정부가 처음 출범한 첫 해로서 치안질서유지 및 북한의 위협에 대비하는 것이 가장 중요한 쟁점이 될 수 밖에 없었던 시기이다. 이 때 국군 13연대 연대장 오동기 중령이 제주4·3사태를 진압하라는 국방부장관의 명령으로, 제주도의 출병을 해야했지만, 반란을 일으켜 여수, 순천의 경찰서와 공무소를 점령하였다. 이승만 정부는 국민들에게 약속한 치안질서 유지 및 안보 확보가 어렵게 되는 듯 하자 당시 제헌의회에 호소하여, 비록 「형법」 및 「형사소송법」도 제정하지 못하였지만, 좌익사범을 척결하기 위해서 「국가보안법」을 제정·시행하게 하였다. 결국, 정부는 좌익세력 3만 여명을 구속하였다고 발표하였고, 치안질서를 어느 정도 확보하게 되었지만 좌익계열의 살인·방화범에 대해서 사형을 부과하고, 국가를 파괴·전복하려는 행위에 대해서 획일적으로 무기징역으로 처벌하여 지나치다는 비판이 일자, 1949년 12월 19일 법률 제85호로 동법을 전문개정하여 실제운용상 불합리성을 보완하기도 하였다. 그후 「헌법」이 개정되고, 공화국이 바뀔 때마다 국가보안법은 개정·보완되었다. 

자유당 정부 말기인 1958년 3차 개정시 간첩개념을 넓게 정의하여, 정부를 비판하는 행위를 「국가보안법」 위반으로 처벌할 수 있게 되자 야당은 격렬히 반대하였으며 야당이 의회에서 반대하자 이를 물리력으로 저지하고 통과시켜서 소위 「국가보안법」 파동 사태가 일어났다.4·19혁명 직후 민주당 정부에서는 1960년 4월 10일 4차 개정으로 정부 참칭죄의 범죄자들을 그 역할별로 구분하여 처벌하고, 2년동안 공소를 보류하는 제도를 도입하여 자유당 정부의 강압적인 태도를 완화하기도 하였다. 그러나 5·16군사정변으로 군사정부가 들어선 후 누범가중처벌하는 조항을 설치하였고, 제5공화국 들어서서는「헌법」개정에 맞추어 보다 더 엄격하게 가벌성을 인정하는 개정을 하기도 하였으나,「국가보안법」을 둘러싼 폐지 논쟁은 아직도 진행중일 정도이다. 이법은 남북화해와 통일이라는 정치적 목적과는 모순이 되는 국가안전보장을 목적으로 하기 때문에 상충되는 가치를 조화롭게 실현해야 된다는 문제점을 안고 있는 법률이다.

법무부사 편찬위원회 ,《법무부사》 법무부, 1988
법제처 국가법령정보센터(http://www.law.go.kr):「국가보안법」(연혁법령)