행정쇄신위원회가 위원들의 헌신적 수고 그리고 대통령비서실과 국무총리실의 지속적인 지원과 행정실의 일관성있는 실무보좌로 많은 활동성과를 냈다. 그렇지만 행정쇄신위원회는 한시적인 대통령자문기구로서 제도적 한계를 가지고 있었다. 경제행정규제완화위원회, 교육개혁위원회,세계화추진위원회 등 여러 유사한 개혁기구들이 있어 행정쇄신위원회의 업무범위가 중복되고제한되는 문제가 있었다.

행정쇄신위원회가 짧은 준비기간을 가지고 발족하여 곧바로 개혁과제를 다루다보니 기획연구과제를 다루기는 했지만 종합적이고 거시적인 문제해결보다는 국민제안 등 미시적인 문제해결에 주력했다. 쇄신과제중에 금융.세제.토지분야 등 경제규제와 관련된 사안을 정책규제로서다루는데 한계가 있었다. 또한, 행정쇄신위원회에 검찰, 감사원, 정보기관 등 권력기관과 사법기관에 관련된 행정쇄신 과제가 제기되었으나 권한의 제한으로 이러한 과제를 다루는데는 현실적인 한계가 있었다.

행정쇄신위원회에 근무하는 공무원은 전문성이 요구되는 쇄신과제의 분석과 대안마련 작업수행을 위해 관계부처 파견공무원으로 충원함으로써 업무의 일관성과 전문성 유지에 어려움이 있었다. 행정쇄신위원회의 활동으로 많은 규제들이 폐지되거나 완화되었으나 동시에 다른 한편에서는 신설되는 규제가 증가하였으나 이에 대한 통제가 미흡했다. 즉 행정쇄신에 대한 체계적인 사후관리가 미흡했다.

「국무조정실과 그 소속기관의 직제」

김영삼 대통령은 “간소하면서도 능률적인 정부를 구현하기 위해 학계, 재계 등 민간전문가들로행정쇄신위원회를 설치하겠다”고 선거공약을 한 바 있었다. 국무총리실은 이 선거공약의 이행과관련하여 정부조직개편과 제도개선을 담당하는 총무처와 청와대 행정수석비서관실과 실행방안을협의했다. 이러한 협의과정을 통해 적극적인 의욕을 보인 국무총리실이 범정부적인 차원에서 행정쇄신 업무를 총괄 담당하는 것으로 결정되었다.과거의 행정개혁작업은 위원회에서 장기간에 걸쳐 연구심의한 뒤 이를 보고서로 작성하여 정부에 일괄적으로 건의하는 역할만을 했는데 비해 문민정부의 행정쇄신은 심의·의결에서 시행에 이르는 전 과정을 다룰 수 있게 하였다. 이를 위해 대통령의 적극적인 관심과 지원을 받을수 있도록 행정쇄신위원회를 대통령직속위원회로 설치하는 방안을 검토했으나 이는 정부조직법개정이 수반되어 문민정부가 내건 작은 정부 취지에 반하는 문제에 직면하게 되었다. 결국 행정쇄신위원회는 대통령직속 자문기구로 설치하되 실무위원회를 국무총리실에 설치하여 범정부적인 행정지원체제를 갖추기로 하였다.즉대통령자문기구로 설치하되 그 산하에 행정조정실장이 위원장인 실무위원회와 실무작업반을 설치하고 대통령 비서실은 행정수석밑에 행정쇄신을 전담하는 행정쇄신비서관실을 설치했다.여러준비작업을 거쳐 행정쇄신위원회는 제1차 행정쇄신위원회를 개최하고 발족되었다(1993.4.20).

행정쇄신위원회가 발족하면서 표방한 행정쇄신의 기본방향은 ① 깨끗하며 작고 강한 정부의구축 ② 민주적이고 효율적인 행정체제의 구축 ③ 국민편의 위주로의 각종 행정제도와 관행의개선이었다. 이를 구체화하는 목표로 행정쇄신위원회의 규정에 '국민편의증진을 위한 행정행태.관행의 개선, 행정규제 완화와 정부조직의 합리적 개편 등 행정쇄신에 관한 종합적 추진방 안을 연구, 심의하여 대통령의 자문에 응하도록' 했다.

행정쇄신위원회가 문민정부 5년동안 매주 위원회 회의를 개최하여 심의·의결한 주요 쇄신방안은 국민불편 부담을 덜어주기 위해 국민편의 위주로의 각종 행정제도와 관행을 개선하는 것이었다. 이와 관련된 대표적인 쇄신방안으로 옴부즈만 제도를 도입한 '국민고충처리위원회 설치', 행정정보공개법과 행정절차법 제정의 구체화를 들 수 있다. 정부조직개편작업은 속성상 비 공개적으로 다양한 협의를 거쳐 이루어지지만 1994년 정부조직개편은 행정쇄신위원회가 조직개편의 작업을 하고 정리한 내용이 반영되었다. 행정쇄신위원회의 활동실적을 사실적으로 말해주고 있는 것이 쇄신과제의 처리실적이다. 쇄신과제는 크게 기획연구과제와 개별과제로 구분되는데 개별과제는 국민과 정부기관이 제안한 개별사안중심의 과제이고 기획연구과제는 전문적인 조사연구를 거쳐 종합적인 쇄신을 도모하는 과제이다.이러한 쇄신 확정과제의 분야별 내용은 건설교통분야 269건, 농림수산분야 244건, 일반민원행정분야 238건, 복지노동환경분야 229건 등으로 국민생활과 밀접한 관련 있는 사항이 중심이 된다. 이를 실천하기 위해 국무총리실은 관계부처로 하여금 322건은 법률제·개정을, 290건은 시행령개정을, 1,068건은 부령 및 지침 등을 개정토록했다.

행정쇄신위원회가 이렇게 많은 성과를 올릴 수 있었던 이유는 다음과 같다.

첫째, 국민이 원하는 쇄신과제를 국민의 입장에서 성실하게 수집하고 대안을 마련하여 쇄신했다. 

둘째, 이를 통해행정쇄신에 국민의 관심과 참여를 확산하며 쇄신과정에 이해관계인이 참여하여 공개토론과 합의를 도출하는 민주적이고 합리적인 행정풍토를 도입했다.

 
셋째, 위원회가 민간중심으로 구성되었으나 실무위원회를 두어 행정의 전문성이 훼손되지 않게 하였을 뿐 아니라 행정기관 중심의부처이기주의를 방지하고 정부기관과 민간사이에 수평적 정보교류와 협조분위기를 조성했다. 

넷째, 행정쇄신위원회가 경제성장을 우선으로 하는 권위주의적 행정체제하에 만들어진 산적한 민원을 단기간에 처리하고 정부부처간 이해가 얽힌 문제에 대해 실질적인 조정기능을 수행했다.

행정조정실은 범정부적 차원에서 행정쇄신 업무를 다루는 모범적인 선례를 보여 주었다. 국무총리실이 행정의 중추신경기능을 하며 부처이기주의를 벗어나 중립적인 입장에서 행정쇄신작업을 했기 때문에 민간부문의 참여자인 행정쇄신위원, 이해관계집단과 정부부처로부터 신뢰와 권위를 지킬 수 있었다.행정조정실의 종합조정기능이 다양한 쇄신요구와 각계 전문가의 식견을 균형감각을 가지고종합적으로 다루었기 때문에 민간위원들과의 쇄신의 공감대를 형성했다. 이러한 공감대는 국민의 정부에서도 행정조정실이 규제개혁을 수행할 수 있는 토대가 되었다.

국무조정실, ≪국무조정실 30년사≫, 2003