어업인후계자 육성사업은 1981년 「농어민후계자육성기금법」을 제정함으로써 본격적으로 추진되기 시작했는데 이들 어업인후계자의 단체는 1989.12.15 전국어업인후계자협의회라는 명칭으로 창립총회를 개최하고 발족하였다. 1991.10.22에 「민법」제32조의 사단법인으로 인가를 받았다. 이후 1999.3.30 단체의 명칭을 전국어업인후계자중앙연합회로 변경하였고, 2001.12.26 한국수산업경영인연합회로 개칭하여 오늘에 이르고 있다.

즉 수석부회장, 제1정책부회장, 제2정책부회장, 제3정책부회장, 사업부회장, 대외협력부회장, 재정부회장, 홍보부회장, 여성담당부회장, 복지담당부회장이 그것이다. 한편 지역별 조직현황을 보면, 도연합회 12개소, 시군연합회 63개소가 있고 2006년 말 기준으로 13,269명의 회원이 있다. 

도연합회 산하 시군연합회의 분포를 보면, 부산광역시연합회는 중부, 서부, 남부 및 기장군 등 4개소의 시군연합회를 두고 있고, 인천광역시연합회는 옹진군과 강화군 등 2개소의 시군연합회를 두고 있으며, 울산광역시연합회는 울산시연합회 1개소를 두고 있다. 경기도연합회는 평택시, 김포시, 화성시 등 3개소의 시군연합회를 두고 있고 강원도연합회는 속초시, 삼척시, 고성군, 강릉시, 동해시, 양양군 등 6개소의 시군연합회를 두고 있으며 충북도연합회는 북부, 남부 등 2개소의 시군연합회를 두고 있다. 충남도연합회는 당진군, 보령시, 부여군, 태안군, 서산시, 홍성군, 서천군, 논산시 등 8개소의 시군연합회를 두고 있고 전북도연합회는 고창군, 부안군, 군산시, 정읍시 등 4개소의 시군연합회를 두고 있으며 전남도연합회는 목포시, 강진군, 고흥군, 무안군, 보성군, 순천시, 신안군, 완도군, 장흥군, 진도군, 함평군, 해남군, 여수시, 영광군, 영암군 등 15개소의 시군연합회를 두고 있다. 경북도연합회는 영덕군, 경주시, 포항시, 울릉군, 울주군 등 5개소의 시군연합회를 두고 있고 경남도연합회는 진해시, 통영시, 마산시, 하동군, 거제시, 고성군, 남해군, 사천시, 창원시 등 9개소의 시군연합회를 두고 있으며 제주도연합회는 북제주군, 제주시, 남제주군, 서귀포시 등 4개소의 시군연합회를 두고 있다.

사무실은 서울특별시 동작구 상도동 345-8번지에 소재하고 있으며, 이 단체가 하고 있는 사업내용을 보면, 회원상호 간의 친목도모 및 정보교환, 어업인 여론조사와 대 어업인 봉사사업, 슈산물 유통 및 전시회 개최, 전문지(한국수산경제) 발간 및 홍보사업 등이다.