수산업협동조합의 기구로는 중앙회와 어업협동조합(지구별 어업협동조합과 업종별 어업협동조합)과 수산제조업협동조합이 있었고, 지구별 어업협동조합 아래 어촌계를 조직할 수 있게 되어 있었다. 그리고 어업협동조합의 사업종류는 지도․보호사업, 구매사업, 보관․판매사업, 신용사업, 이용사업, 공제사업, 후생복리사업, 정부 업무의 대행 및 보조에 의한 사업, 조합원의 경제적 이익을 도모하기 위한 단체협약의 체결, 기타 목적달성에 필요한 사업 등으로서 오늘날의 사업종류와 큰 차이가 없었다.

이후 우리나라 수산업의 급속한 발전과 함께 수산업협동조합도 비약적인 발전을 해 왔는데, 1966~1971년간은 개발기로서 경제개발 5개년 계획을 뒷받침하였고, 1972~1981년간은 우리나라 경제발전의 도약기로서 수산업도 빠른 속도로 발전함에 따라 수산업협동조합도 사업규모가 크게 늘어나고 조직도 커졌다. 그러나 그 동안 우리나라 수산업이 빠르게 발전해 오는 과정에서 여러 가지 부작용이 나타나기 시작했는데, 1977년부터 주요 연안국들이 200해리 배타적 경제수역을 선포하여 해외어장을 잃게 되었고, 수산자원의 감소와 어장환경의 악화로 어업생산량이 감소하기 시작했다. 이에 따라 수산업 자체가 위축되기 시작했고 수산업협동조합도 여러 곳에서 부실조합이 발생하게 되었다. 

한편 수협중앙회(신용사업부문)는 1997년IMF 금융위기 이후 대손충당금 등 각종 충당금 적립기준 강화, 대기업 및 수산정책자금 대출의 부실화 등으로 누적결손금(9,887억원)이 급증하여 심각한 경영위기에 직면하게 되었다. 그리하여 정부에서는 「공적자금지원특별법」상의 손실부담원칙 및 예금자보호법에 근거하여 신용사업부문에 공적자금을 투입하고 상환의무 부과 및 이의 감독을 위한 MOU를 체결하였고, 수협중앙회의 조직도 중앙회장 외에 경제대표이사와 신용대표이사를 신설하여 각각 독립경영을 하게 되었으며 이러한 체제는 현재까지 계속되고 있다.

수산업협동조합의 조직체계를 보면, 회원조합의 경우 조합에 따라 다소간의 차이는 있으나 대체로 조합장, 상임이사, 지도상무, 경제상무 및 상호금융상무를 두고 있으며 상무 아래 몇 개의 과로 이루어져 있다. 반면 수협중앙회의 경우는 조직체계가 다소 복잡한데, 중앙회장 아래 회원조합의 업무를 감사하는 조합감사위원회와 중앙회 업무를 감사하는 감사위원회를 두고 있고, 이와는 별도로 경제대표이사와 신용대표이사를 두고 있으며, 각 대표이사 아래에 상임이사 또는 사업본부장을 두고 있다.