한.미 FTA 수산분야 협상은 크게 6개로 나눌 수 있는데, 첫째, 수산물 관세양허 부문으로서 우리 측은 주요 민감품목에 대해 장기이행기간 등 특별 보호장치를 마련해야 한다는 입장이었으나 미국 측은 예외 없는 양허 및 관세의 조기철폐를 주장하였다. 협상 결과 관세의 양허단계는 즉시, 3년, 5년, 10년, 12년, 15년으로 합의하였는데 즉시 철폐 품목은 사료 등 생산보조 품목과 국내생산이 없는 58개 품목이고, 3년 내 철폐 품목은 어획 금지 해양포유동물, 해조류, 대미수출품목, 경쟁우위품목 등 국내 수산업에 미치는 영향이 작은 165개 품목이다. 5년 내 철폐 품목은 대미 수입에 의존되어 있는 품목, 국내 소수 어업인 종사 품목, 훈제.염장.통조림 등 2차 가공품 일부를 포함하여 31개 품목이다. 그리고 10년 및 10년 이상에 걸쳐 관세를 철폐하는 품목은 미국의 생산량이 많고 국내 어종과 유사성이 높아 영향이 우려되는 152개 품목이다.
둘째, 관세특례 제도로서 미국 측은 미국산 제품에 대하여 조정관세를 적용하지 말 것과 관세환급 및 관세감면 제도는 부당한 수출보조의 가능성이 있다고 주장하며 이를 제한하자는 입장이었으나 우리 측은 예측가능하고 투명하게 운영할 계획임을 설명하고 관세특례제도 존치의 필요성을 주장했다. 협상 결과 조정관세는 관세의 정의에 포함시켜 실행관세로 인정하기로 합의하였고, 관세감면은 기존 관세감면을 확대하거나 새롭게 적용하는 경우 등을 제외하고는 존치키로 합의하였으며, 관세환급은 최종적으로 미국 측이 요구를 철회하였다.
셋째, 활 넙치 체장 제한 문제로서 캘리포니아 주정부는 자연산 넙치의 자원보호를 위해 시중에 유통이 가능한 넙치의 체장을 22인치 이상으로 규정하고 있으나 우리 측은 대미 수출용 활 넙치는 양식산이므로 동규정의 적용 대상이 아니라는 입장을 견지하였다. 협상 결과 수출용 활 넙치가 양식산임을 확인할 수 있도록 원산지 증명서 및 태그(tag) 부착방식으로 체장제한을 해제하기로 합의하였다..
넷째, 수협 공제사업의 예외 인정 여부로서 미국 측은 수협 공제사업도 일반 보험회사와 같은 수준의 금융감독을 받을 것을 요구하였으나 우리 측은 협동조합의 특수성을 감안하여 금융감독을 받지 않도록 예외 인정이 필요함을 주장하였다.협상 결과 농.수협, 새마을금고, 신협의 공제사업은 FTA가 아닌 별도 채널을 통해 논의키로 합의하였음. 다만, 금융감독 기관의 지급여력기준은 지키기로 하고 협정 발효일부터 3년간 유예하였다.
다섯 째, 학교 급식의 국산 수산물 우선 공급문제로서 우리 측은 학교급식에 자국 수산물 우선공급이 필요함을 주장하였으나 미국 측은 이에 대한 의견을 표명하지 않았다.협상 결과 학교급식에 우리 수산물의 우선 공급이 가능하도록 합의하였다(정부 조달시장 개방 유보).
여섯 째, 미국어장 진출 및 어업투자 지분 확대문제로서 우리 측은 알래스카 수역 명태어선 입어 허용 및 외국인에 대한 어업투자 지분을 현행 25%에서 50% 미만까지 확대할 것을 요구하였으나 미국 측은 자국 수산업 보호 등의 사유로 수용 불가 입장을 나타내었다.
협상 결과 이에 대해서는 정례적으로 합동 어업위원회(Joint Fisheries Committee)를 개최하여 동 문제를 협의키로 합의하였다.