이 가운데 수산업과 관련된 것은 수산물 관세가 포함된 ‘비농산물시장접근’ 분야와 수산보조금이 포함된 ‘규범’ 분야이다. 2004년 8월 WTO 일반이사회에서 협상의 기본 골격이 합의되었는데, 여기서 수산물을 포함한 모든 품목의 관세를 비선형인하공식을 적용하여 가중인하하고, 수산보조금을 ‘규제할 보조금의 성격과 정도’를 논의하기로 하는 특별규율 원칙을 확립하였다.

그러나 이후 협상이 계속 난항을 거듭하여 당초 2004년 말에서 2005년 말로 연기된 협상시한이 2006년 말로 재차 연기되었다. 2005년 12월 열린 〈제6차 WTO 각료회의(홍콩)〉에서는 농업 및 NAMA 분야에서 선진국과 개발도상국간 대립으로 핵심사안에 대한 합의를 이루지 못했으나 협상을 진전시키기 위해 2006년 4월까지 농업 및 NAMA 분야에서 협상의 세부원칙을 마련하고 7월까지 국별 이행계획서를 제출하기로 합의하였다. 그런데 2006년 들어서도 협상이 계속 난항을 겪자 2006년 7월 WTO의 라미 총장은 〈서방선진8개국(G8) 정상회담〉에서 받은 위임을 근거로 G6(EU, 미국, 일본, 호주, 브라질, 인도) 각료회의를 열어 DDA의 극적인 타결을 시도했으나 실패로 돌아갔다. 

그러다가 2007년 7월 NAMA 의장이 협상의 진전을 위하여 지금까지 논의되었던 내용을 중심으로 의장중재안을 제시하여 현재 이를 중심으로 논의를 계속하고 있는데 2008.7.21부터 29일까지 개최된 소규모 각료회의에서 7. 25의 쟁점사항에 대한 잠정협의안이 도출되어 협상타결의 가능성이 높았으나 농업분야에서의 개도국 특별긴급관세, 미국의 면화보조금 삭감문제 등에 대한 합의를 도출하지 못함으로써 결국 합의가 무산되었다. 

한편 규범분야에서의 수산보조금에 대해서는DDA 출범 당시 수산보조금과 자원고갈 간의 연계성 규명이 협상범위에 포함됨에 따라 2002~2004년 간 수산보조금의 특별규율 필요성이 논의되기 시작했고, 2004년 7월에 이에 합의하였다. 2004년 7~12월 간 미국, 뉴질랜드 등의 피쉬프렌즈그룹(FFG) 국가들은 수산보조금의 포괄적 금지를 주장하였고, 2005년 2월 한․일․대만은 공동제안서를 통해 수산보조금의 포괄적 금지를 잠정적으로 지지하였으며, 동 년 12월 홍콩각료선언문에 과잉어획능력 및 과잉어획을 유발하는 보조금 지원의 금지를 명시하였다. 이후 주요국들이 협정문의 초안을 본격적으로 제출하였고, 이를 중심으로 많은 논의가 있었으나 의견 차를 좁히지 못했고, 2007년 9월의 의장초안에는 면세유 외에 우리나라가 지원하고 있는 대부분의 보조금을 금지하고자 하는 내용이 포함되어 우리를 긴장시켰으나 농업부문의 이견으로 인해 2008년 8월 현재 협상이 중단상태에 있다.

규범분야의 수산보조금에 대해서는 지금까지의 논의과정을 볼 때 우리에게 매우 불리한 방향으로 전개되고 있는데, 허용보조금으로 분류되고 있는 것은 어선감척이나 수산자원 조사 등 어업관리를 위한 지원에 불과하다. 반면 금지보조금으로 분류되고 있는 것은 매우 포괄적이다. 특히 우리에게 가장 민감하게 작용하고 있는 것이 면세유 지원을 금지보조금으로 포함시키려는 움직임으로서 이것이 만약 현실화 될 경우 우리나라 수산업은 엄청난 타격을 입게 될 것으로 전망되며, 이 밖에 경영비 절감을 위한 지원, 이자지원 등 분야에서도 금지보조금으로 분류되고 있다.

WTO 협상이 필요하고 공산품 분야에서는 우리에게 많은 긍정적인 효과를 가져다 줄 것이나 농수산업 분야에서는 막대한 피해를 줄 것으로 전망되고 있는데 다행히 미국과 인도 등의 농업부문에 있어서의 이견으로 현재 협상이 중단상태에 있고, 미국의 대선, EU의 집행부 교체, 인도의 총선 등을 고려할 때 상당한 기간 연기될 가능성도 있다.