1997.8.22의 제13차 개정에서는 동 법의 적용대상 선박으로서 총 톤수 5톤 미만의 선박과 함께 어선법에 의해 측정된 25톤 미만의 어선에 대해서는 동 법의 적용을 배제한다고 하였고, 2005.3.31의 제19차 개정에서는 총 톤수 20톤 미만의 어선에 대해 이 법의 적용을 배제한다고 하여 적용대상 어선의 범위를 확대하였다. 아울러 임금에 대한 특약으로서 어선원 임금을 비율급으로 하는 경우 어선소유자는 어선원에게 월고정급에 해당하는 금액을 미리 지급해야 한다고 하고 있고, 법 제72조와 동 법 시행규칙 제46조의 4에 의거하여 1년 이상 원양어선, 대형선망어선 및 대형기선저인망어선에 승선한 자에 대해서는 유급허가를 주도록 하였다.

그러나 「근로기준법」경우 상시종사자 5명 이상일 경우 적용을 하고 있어 실제 5톤 미만의 어선에 종사하는 어선원들은 복지 면에서 사각지대에 놓여있다고 할 수 있다. 뿐만 아니라 총 톤수 20톤 이상의 어선이라 하더라도 「선원법」상에서 정하고 있는 내용의 많은 부분에 있어 적용을 받지 않고 있어 실제 어선원에 대한 복지정책은 상당히 제한적이다.

따라서 여기서는 현행 「선원법」에서 규정하고 있는 사항 중 어선원에 대해 적용하는 내용을 간략하게 살펴보기로 한다. 

우선, 제2장의 선장의 직무와 권한, 제3장의 선내질서의 유지, 제4장의 선원근로계약 등은 어선원이라 하더라도 동일하게 적용을 받는다. 

그러나 제5장의 임금에 있어서는 앞에서 본 바와 같이 제52조에서 특례사항을 규정하고 있는데 어선원의 임금은 월고정급 및 생산수당으로 하거나 비율급으로 할 수 있고, 비율급으로 하는 경우 월고정급에 해당하는 금액을 어선원에게 미리 지급하여야 한다 라고 하고 있다. 

제6장의 근로시간 및 승무정원은 어선원의 경우 거의 적용을 하지 않고, 제7장의 유급휴가에 대해서는 원양어선과 대형선망 및 대형기선저인망어업 어선에 승선하는 선원에 한해 제한적으로 운영하고 있다.

제8장의 선내급식과 안전 및 위생에 대해서는 의사, 의료관리자 및 응급처치담당자 등의 승무에 관한 조항을 제외하고는 어선원에도 적용되며, 제9장의 소년선원과 여성선원과 제10장의 재해보상, 제11장의 선원의 직업안정 및 교육훈련, 제12장의 취업규칙, 제13장의 감독, 제13장의 2의 한국선원복지고용센터, 제14장의 보칙 및 제15장의 벌칙 등에 대해서는 어선원들에 대해서도 적용을 받는다.