이러한 운반선은 대형선망어업 경우 자체적으로 보유하고 있으나 원양어업의 경우에는 별도의 운반선을 용선하여 운반을 하게 되는데 생산자가 단독으로 운반선을 용선하기도 하나 몇 사람의 생산자가 공동으로 용선하여 어획물을 운반하기도 한다. 한편 운반선을 이용하여 불법으로 어획한 어획물의 단속을 위해서는 어획물을 운반할 수 있는 어선을 별도로 지정하여 관리할 필요도 생겨나게 되었다.

이렇게 어선어업에 있어 중요한 역할을 하는 어획물운반업이 「수산업법」 제정 당시에는 크게 주목을 받지 못하였고, 따라서 당시의 「수산업법」에서는 어획물운반업에 대한 규정을 두고 있지 않았다. 그러다가 우리나라 수산업이 계속 발전하고 불법어업의 운반에 대한 단속의 필요성이 증가함에 따라 어획물운반업도 수산업의 범주에 포함시켜야 한다는 주장이 대두되었고, 1990.8.1 「수산업법」 개정시수산업의 정의에 어획물운반업을 포함시키기에 이르렀다. 즉 당시의 개정 「수산업법」 제2조 제2호에서는 어획물운반업을 ‘어장으로부터 양륙지까지 어획물 또는 그 제품을 운반하는 사업을 말한다’ 라고 정의하고 있고 그에 관한 규정을 신설하였다. 이후 어획물운반업의 제한․정지 또는 취소 등에 관한 사항이 다소 개정되면서 오늘에 이르고 있다.

이러한 어획물운반업을 할 수 있는 자의 자격기준과 등록기준(대상어선, 어선의 규모)은 「수산업법시행령」 제40조 제1항의 별표2에 나타나 있는데 이를 정리하면 다음과 같다. 

첫째, 업종별 조합 및 지구별 조합이 100톤 미만(지구별 조합) 또는 220톤 미만(업종별 조합)의 어업허가를 받은 어선의 부속선 및 기존의 허가받은 어업을 폐업한 어선을 등록할 수 있다. 

둘째, 「해운법」 제24조에 따라 해상화물운송사업의 등록을 한 자가 총 톤수 20톤 이상 220톤 미만의 해상화물사업의 등록을 한 수산물운반선을 등록할 수 있다. 

셋째, 「수산물품질관리법」 제19조에 따라 수산물가공업의 등록을 한 자가 10톤 미만의 어업허가를 받은 어선의 부속선 및 기존의 허가받은 어업을 폐업한 어선을 등록할 수 있다. 

넷째, 어업허가를 받은 어선의 어업허가를 취소한 후 어획물 또는 그 제품을 운반하려는 자가 총 톤수 220톤 미만의 어업허가를 받은 어선의 부속선 및 기존의 허가받은 어업을 폐업한 어선을 등록할 수 있다. 

다섯째, 「민법」 제32조에 따라 농림수산식품부장관의 설립허가를 받은 법인이 총 톤수 100톤 미만의 어업허가를 받은 어선의 부속선 및 기존의 허가받은 어업을 폐업한 어선을 등록할 수 있다. 

여섯째, 근해선망어업 또는 기선선인망어업의 허가를 받은 자가 총 톤수 220톤 미만의 어업허가를 받은 어선의 부속선 및 기존의 허가받은 어업을 폐업한 어선을 등록할 수 있다. 

일곱째, 어획물운반업의 등록을 한 어선의 소유권을 이전받거나 그 어선을 임차한 자가 총 톤수 220톤 미만의 어획물운반업의 등록을 한 어선을 등록할 수 있다. 

여덟째, 어업자로서 해당 어업의 특성상 농림수산식품부장관이 특히 필요하다고 인정하여 고시하는 자로서 총 톤수 100톤 미만의 어업허가를 받은 어선의 부속선, 기존의 허가받은 어업을 폐업한 어선 및 농림수산식품부장관이 정하여 고시한 어업허가를 받은 어선을 등록할 수 있다.