한편 후자는 1917년 조사선이 진수됨에 따라 어로시험과 병행하여 실시되었는데 1921년부터는 중앙수산시험장에서 주관하여 실시하였다. 그러나 이 사업도 6.25 전쟁으로 인해 중단되었다가 1961년부터는 종전의 14개 관측지점을 22개로 전면 개편하여 연 6회 해어황예보를 실시하고 있었다. 이렇게 그 동안 연안과 근해로 나누어 실시하던 해양환경조사는 1996년 해양수산부가 발족하면서 당시 환경부로부터 이관한 국가 해양환경 측정망사업과 병행하여 실시하면서 종료되었다.

해저퇴적물 중 일반항목(4성분)과 특정항목(11성분: 중금속 포함)은 연 2회(2월과 8월) 조사하고 있으며, 해양생물 중 일반항목(4성분)과 특정항목(11성분: 중금속 포함)은 연 1회(2~5월) 조사하고 있으나, 일반항목 중 클로로필-α는 연 4회(계절조사) 조사하고 있다.

특히, 국가해양환경측정망 조사는 화학인자를 이용한 해양환경오염 평가에 초점이 맞춰져 있으며, 수질조사의 경우 만별로 3~6개 정점을 조사하고 있고, 해양생물과 해저퇴적물은 만별로 1~2개의 조사정점을 조사하고 있다.

한편 국가 해양환경 측정망 운영과는 별도로 인공위성을 이용한 해양조사 및 예측사업을 실시하고 있는데 이것은 미국 해양대기처(NOAA) 열감지 위성으로부터 매일 4~6회 위성수온자료를 수신하여 분석하고 그 결과를 즉시 해양자료 속보형태로 FAX 및 E-mail로 전송하고 있다. 또한 SeaWiFS 위성자료를 분석하여 우리나라 연근해역의 기초먹이생물 분포를 정량화 하였으며 MODIS 위성으로부터 해수의 색깔에 대한 정보도 수집하고 있다. 이 밖에 전국 연안 22개소에 실시간 연안정보시스템을 구축하고 어장환경정보를 실시간으로 제공하고 있고, 이상해황에 의한 수산생물 폐사원인 규명 등에 활용하고 있다.