수협의 지도사업은 수협 고유기능의 하나로서 그 동안 많은 변화를 겪어 왔다. 즉 수협 발족 초기인 1962년도에는 임직원 및 어업인의 훈련이 지도사업의 주요 내용이 되었으나 1972년에는 교육훈련 외에 조사연구, 조합경영지도, 선전계몽, 어업무선국 운영, 조직강화 사업이 추가되었다. 1980년도에 들어서는 당시 국가의 중요 운동이었던 새마을사업과 함께 어로 및 생산지도, 홍보 및 교육, 조사사업, 조합경영지도, 어업생산지도, 어업무선국 운영 등이 수협지도사업의 중요 내용을 이루고 있었다. 이후 1987년도에는 수협지도사업의 내용이 더욱 확대되었는데 어촌소득사업, 안전조업지도, 임직원교육, 조사연구, 조합지도육성, 홍보활동, 어업무선국 운영, 국제협력, 전산업무, 직장정화운동 등이 그것이다. 

이러한 수협의 지도사업은 이후에도 약간의 변화가 있었으나 가장 큰 변화는 1997년IMF 금융위기를 겪으면서 수협중앙회의 조직이 회장, 신용대표이사, 경제대표이사로 구분이 되고 각 부문별로 독립채산제를 채택함으로써 신용사업과 경제사업에서 잉여가 발생했다 하더라도 지도사업으로 지원을 할 수 없도록 하여 지도사업비 자체가 크게 감소한 것이다. 아직 공적자금을 완전히 상환하지 못한 수협으로서는 현재 이러한 이유로 인해 지도사업 수행에 상당한 어려움을 겪고 있다.

① 수산종묘의 생산 및 보급
② 어장개발 및 어장환경의 보전·개선
③ 어업질서유지
④ 어업권 및 어업피해대책과 보상업무 추진
⑤ 어촌지도자 및 어업인후계자 발굴·육성과 수산기술자 양성
⑥ 어업생산의 증진과 경영능력의 향상을 위한 상담 및 교육훈련
⑦ 생활환경개선과 문화향상을 위한 교육 및 지원과 시설의 설치·운영
⑧ 어업 및 어촌생활 관련 정보의 수집 및 제공
⑨ 조합원의 노동력 또는 어촌의 부존자원을 활용한 관광사업 등 어가소득증대사업
⑩ 외국의 협동조합 및 도시와의 교류촉진을 위한 사업
⑪ 어업에 관한 조사·연구
⑫ 각종 사업수행과 관련한 교육 및 홍보
⑬ 그 밖에 정관이 정하는 사업

또한 「수산업협동조합법」제112조에서는 수산물가공수협의 교육·지원사업의 내용을 다음과 같이 규정하고 있다.

① 생산력의 증진과 경영능력의 향상을 위한 교육훈련
② 조합원이 필요로 하는 정보의 수집 및 제공
③ 신제품의 개발·보급 및 기술 확산
④ 각종 사업수행과 관련한 교육 및 홍보
⑤ 그 밖에 정관이 정하는 사업

그리고 「수산업협동조합법」제138조에서는 수협중앙회의 교육·지원사업의 내용을 다음과 같이 규정하고 있다.

① 회원의 조직·경영 및 사업에 관한 지도·조정
② 회원의 조합원과 직원에 대한 교육·훈련 및 정보의 제공
③ 회원과 그 조합원의 사업에 관한 조사·연구 및 홍보
④ 회원과 그 조합원의 사업 및 생활개선을 위한 정보망의 구축, 정보화의 교육 및 보급 등을 위한 사업
⑤ 회원과 그 조합원에 대한 보조금의 교부
⑥ 수산업 관련 신기술의 개발 등을 위한 사업 및 시설의 운영
⑦ 회원에 대한 감사
⑧ 각종 사업수행을 위한 교육·훈련
⑨ 회원과 그 조합원의 권익증진을 위한 사업

이에 따라 2008년 현재 수협중앙회에서 시행하고 있는 지도사업은 크게 다음과 같은 6가지로 구분할 수 있다. 

첫째, 안전조업에 관한 사업으로서 안전조업 지도와 함께 인근 국가의 배타적 경제수역(EEZ)에 출어하는 조업선에 대한 관리를 하고 있다. 

둘째, 정책지원과 관련한 사업으로서 외국인인력 지원사업과 수산정책워크샵 개최 등을 하고 있다. 

셋째, 자원조성에 관한 사업으로서 수산자원조성사업, 푸른 바다 가꾸기 운동, 클로버 운동 등을 하고 있다. 

넷째, 도시어촌교류에 관한 사업으로서 어촌사랑 자매결연 운동을 하고 있다. 

다섯 째, 회원지도로서 회원조합의 인사업무 지도를 하고 있다. 이때 순수한 의미의 지도사업은 아니나 회원조합에 대한 지도․감독을 위해서는 중앙회 내에 회장 직속으로 조합감사위원회를 두고 있다. 

여섯 째, 어업인지원에 관한 사업으로서 어업인 불편사항 개선, 어업피해보상 법률 자문, 어업인 교육, 지식정보 포털사이트 구축, 어업인 리더 양성, 장학사업 등을 하고 있다.