한편 소규모이기는 하나 전담부서와 전문요원에 의하여 어촌지도사업을 시행하기 시작한 것은 1966년 수산청 발족 이후이다. 즉 수산청 생산국 지도과에 어촌지도계를, 어정국 협동조합과에 지도계를 설치하였고, 동 년 10월에 수산지도직 공무원 40명을 채용하였다. 그러나 이후 생산국 내에 있던 어촌지도계를 어정국으로 이관하고 1968년에는 수산지도직을 폐지함과 동시에 어촌지도, 수산통계 및 수산행정 지원을 위하여 시․도 주재공무원제도로 바꾸었다.

수산분야에 있어 어촌지도사업이 조직적․체계적으로 이루어지기 시작한 것은 1981.4.2 수산진흥원 직제개정에 의해 일선 어촌지도소가 설치되면서부터이다. 1985.4.26 자로 직제개정을 통해 수산진흥원 지원 산하에 있던 어촌지도소를 수산진흥원 본원 산하에 배치함으로써 독자적으로 어촌지도 업무를 할 수 있게 되었다. 이후 어촌지도소의 증설을 통해 어촌지도사업이 계속 강화되어 왔고, 1997.5.24 해양수산부의 출범과 함께 어촌지도업무가 지방해양수산청 어촌지도과(소)로 이관되었으며, 2008.2.25 새로운 정부의 출범과 함께 해양수산부가 없어지면서 현재는 국립수산과학원 산하에 수산사무소로 명칭이 변경되어 그 업무를 수행하고 있다.

즉 고가품목을 대상으로 연구․교습어장을 운영하면서 해역별 특성에 맞는 현장 중심의 기술개발과 함께 지역어업인의 산 교육장으로 활용하고 수산사무소별로 지역으뜸품종(상품)을 개발․육성함으로써 고소득 품종 확대 및 지역특산품 발굴에 노력하고 있다. 

아울러 굴, 피조개, 가리비, 새꼬막 등에 대해서는 유생조사를 통하여 채묘(採苗)의 적기를 예보하고 해역별 주요 양식단지에 대해서는 어장환경과 품종별 작황조사를 정기적으로 실시하고 있으며, 적조발생 우려지역에 대한 순회예찰과 어병예찰 진단반을 연중 설치, 운영하고 있다. 다음, 어업인 교육 및 홍보로서 해역별로 주요 어업시기에 어업인을 대상으로 수산기술교육을 집중적으로 실시하여 지역특성에 맞는 양식품종의 신기술 보급과 수산자원 회복관리, 수산물 안전성 확보, 해양수산시책 등을 중점적으로 교육․홍보하고 있다. 

마지막으로, 어업인들에게 기존의 관행적인 어업경영방식을 탈피하여 시장경쟁체제에 알맞은 과학적인 경영기법을 정착시키고자 노력하고 있는데 최근에는 넙치, 김, 대하, 전복 등 양식어가 360가구를 대상으로 품종별․지역별 소득자료집을 발간, 관계 기관에 배포하여 어업경영개선에 관한 연구 및 지도에 활용할 수 있도록 하였다.