반면 정부 차원의 남북수산협력의 시작은 최근에 들어서야 시작되었다. 즉 2005.6.21~24사이에 개최된 〈제15차 남북장관급회담〉과 2005.7.9~12사이에개최 된 〈제10차 남북경제협력추진위원회〉에서 〈남북수산실무회담〉 개최에 합의하였고, 이에 따라 〈제1차 남북수산협력실무협의회〉가 2005.7.25부터 27까지 개성에서 열렸다. 동 실무협의회에서 남북은 서해상 공동어로, 서해상 제3국 불법조업 통제 협력, 수산물생산․가공․유통분야 협력사업 진행, 우량품종 개발 및 수산분야 기술교류 추진, 제3국 어장 공동 진출 등 5가지 사항에 대해 합의를 하였다.

또한 〈제3차 남북 장성급 군사회담〉이 열린 직후인 2006.3.15에는 제10차 북한경제전문가 100인 포럼을 개최하여 남북수산협력의 추진계획 및 방향에 대해 각계의 의견을 수렴하였고, 2006.1.10부터 12까지 열린 수산분야 권역별 토론회를 통해 남북 수산물교역 사업자들이 겪는 애로사항을 청취하였다. 이후 2007년 7월에는 관련 전문가와 함께 북한의 고성을 방문하여 북한의 활어생산 실태 및 소비현황을 파악하고 새로운 남북협력사업의 검토를 위한 현장답사를 하였다. 이 밖에 국방부, 통일부, 국가정보원 등 유관기관이 참여하는 〈서해 평화정착 T/F〉에 일원으로 참여하여 제3국 어선의 불법조업과 공동어로사업에 대한 의견을 교환하는 등 부처 간 정보교류를 확대하고 있다. 

한편 2007.12.14~15 간 개성에서는 남북한 간 〈제1차 농수산협력분과위원회〉가 개최되었는데 수산분야 경우 다음과 같은 3개 분야에 대한 합의가 있었다. 첫째, 남측 어선의 북측 동해수역 입어문제로서 입어시기는 2008년 중으로 하고, 수역범위․입어조건 등은 실무접촉을 통해 협의하는 수준으로 합의하였다. 둘째, 수산물 생산․가공․우량품종 개발 및 양식분야 협력에 대해서는 2008년 상반기 내에 현지조사를 실시하고 수산물 생산․가공․우량품종 개발 및 양식분야 협력사업을 진행하기로 합의하였다. 셋째, 수산물 유통분야 협력에 대해서는 수산물의 효율적 유통을 위해 협력하기로 한다는 정도의 원칙적인 합의를 하였다.