정부에서는 이 계획을 효율적으로 수행하기 위하여 2005년 3월부터 ‘수산자원회복팀’을 구성․운영하고 있으며(2008년 신 정부가 들어서면서 자원회복과로 개편), 2006년 2월에 중장기 수산자원회복 세부실천계획을 수립하였고, 이를 제도적으로 뒷받침하기 위하여 가칭 「수산자원관리법」의 제정을 추진 중에 있다. 아울러 2006년부터 해역별로 꽃게(서해-연평), 도루묵(동해), 낙지(남해-무안), 오분자기(제주-성산)을 대상으로 자원회복 시범사업을 추진 중에 있다.

첫째, 꽃게는 관리대상 업종이 연안자망, 근해자망, 연안통발, 연안개량안강망어업이고, 관리수단은 채포금지체장 상향조정, 산란장 보호 등이다. 

둘째, 도루묵은 관리대상 업종이 동해구 기선저인망어업, 연안자망어업, 동해구 트롤어업 등이고 관리방향은 산란장 주변 보호를 통한 일반어업의 관리로서 산란장(해조장)보호 및 복원, 광역자율관리 유도가 주요 내용이 된다. 

셋째, 낙지는 관리대상 업종이 연안연승, 연안통발, 외끌이 서남해 기선저인망어업 등이고 관리수단은 소 해역 특화관리로서 산란장 및 산란기 보호 등이다.

넷째, 오분자기는 관리대상 업종이 나잠어업이고 관리수단은 마을어장 생태계 복원을 통한 자원회복이 주요 내용이 된다. 

다섯 째, 조기는 관리대상 업종이 유자망어업이고 관리수단은 금지체장, 금어기 설정, 어망목 제한 등이다. 

여섯 째, 홍어는 연승어업이 관리대상 업종이 되고, 금지체장, 금어기간 조정 등이 주요 관리수단이 된다. 

일곱 째, 대구는 관리대상 업종이 동해구 기선저인망어업 이고 금지체장이 주요 관리수단이 되며, TAC 적용 여부를 검토할 계획이다. 

여덟 째, 기름가자미는 동해구 기선저인망어업, 동해구 트롤어업, 연근해 자망어업이 관리대상 업종이고 금지체장 설정이 주요 관리수단이다. 

아홉 째, 개조개는 잠수기어업이 관리대상 업종이고, 금지체장 및 보호구역 지정 등이 주요 관리수단이다. 

마지막으로, 쥐치는 정치망어업이 관리대상 업종이고, 금지체장 및 금지기간이 주요 관리수단이다. 그런데 이들 어종의 구체적인 관리수단은 2008년 말 국립수산과학원의 자원평가 결과가 나와야 최종적으로 결정될 것이다.