개화기 및 대한제국 시기까지 근대적인 고등교육법제의 발전은 매우 미약한 편이었다. 1894년 중앙 정부조직의 개혁과 함께 발족한 학무아문에서는 중등 및 대학교육 전담부서를 두었으나, 이듬해 학무아문이 학부로 개편될 때는 고등교육을 전담할 부서조차 명시되지 않고 있었다. 아직 근대적인 공교육의 기초단계인 초등 및 중등교육마저도 시작되지 않은 단계에서 고등교육까지 아우를 여력이 없었던 것이다. 한편, 성균관은 관상소와 함께 학부의 별청으로 전환되면서 점차 유교적 제사기능과 교육기능이 분리되어 사고되기 시작했다. 1895년에 「성균관관제」(1895년7월2일, 칙령 제136호)가 제정되면서 성균관에 대한 개혁이 본격화되었다. 성균관에서는 문묘의 건봉과 경학을 학습하는 곳으로 명시하여, 제사와 교육 등 두 가지로 구분되는 성균관의 목적을 재확인하였다. 그리고 이후 「성균관경학과규칙」(1895년8월9일, 학부령 제2호)을 제정하여, 성균관의 교육기능을 전문적으로 담당할 경학과의 세칙을 마련하고 있었다. 경학과를 설치하여 국가 최고학부로서 유지해오던 성균관의 교육기능을 계승·개혁하고, 국가에서 필요로 하는 관료 및 고급인력을 충원하려 했던 것이다. 성균관의 경학과에서는 유교 경전 외에도 근대적인 교과목인 국사 및 세계사, 지리, 산술 등을 부과하고 있었다.

경학과를 통해 교육 및 인재등용의 일부 기능을 회복해 온 성균관은 1908년에는 「성균관학칙」(1908년11월20일)이 제정되어 학부의 인가를 얻었다. 이미 당시는 통감부가 설치된 이후이기 때문에 수신, 일본어, 체조 등의 교과가 추가되고 있으나, 대체로 유학 경전학습 등의 전통적인 교과가 축소되고 세분화된 근대적인 교과들로 편성되어 보다 체계적인 교육과정을 구성하고 있었다. 그러나 강제병합 이후 경학과는 전혀 다른 목적을 갖는 기관으로 전환되었다. 1911년 제정된 「경학원규정」(1911년6월15일, 제령 제74호)으로 인해, 지금까지 학생들을 대상으로 실시해온 교육기관으로의 기능은 정지되었고, 대신에 사회의 폐풍을 교정하고 양속을 조장하는 목적의 일반 사회교화기관으로 그 성격이 달라지게 된 것이다. 이후 경학원은 명륜학원(1930년)과 명륜전문학교(1939년) 등으로 개편을 거듭하며 그 명맥을 유지해 나갔다.

강제병합 이전까지 대학교육 등 본격적인 고등교육 제도와 정책의 발전은 미약하였지만, 근대적인 개혁을 추진해 나갈 고급인력을 양성하는 일은 국가적인 급무였다. 1894년의 학무아문에서는 대학교나 전문학교에 관한 사무를 관장한다고 명시하고 있고, 1895년의 학부에서도 중학교 외에 전문학교 등의 사무를 관장사항으로 규정하며, 점차적으로 고등교육을 확대·보급해 가기 시작했다. 그러나 당시는 학제상의 편제가 체계적이지 못했기 때문에 중등교육단계와 고등교육단계를 구분하여 확정하기는 어려우나, 외국어학교, 의학교, 법관양성소 등의 전문 영역과 관련된 교육기관을 고등교육에 속하는 것으로 분류할 수 있을 것이다. 「법관양성소규정」(1895년3월25일, 칙령 제49호)은 우리나라에서 최초로 제정된 근대적인 학교법제였다. 법관양성소는 재판관 등 법관을 양성하는 일종의 법률학교로서, 당시에는 학부의 관할이 아니라 법부 직속기관이었다. 1904년에는 학교운영의 세칙을 규정한 하위법인 「법관양성소규칙」(1904년7월30일, 법부령 제2호)이 제정되었다. 이후 법관양성소는 「법관양성소관제」(1905년2월29일, 칙령 제21호) 및 「법학교관제」(1909년10월28일, 칙령 제85호)가 제정되면서 명칭도 함께 변경되었고, 학부가 관할하는 일반학교가 되어 법률관계 인력을 양성하는 기관으로 개편이 진행되었다. 한편, 정부는 일찍부터 「외국어학교관제」(1895년5월10일, 칙령 제88호)를 제정하여 해외 문물과 접촉함은 물론이고 국제관계 실무에 필요한 외국어 활용 능력이 있는 인재를 양성하고자 하였다. 외국어학교에서는 외국어 습득만이 아니라 일반 교과도 함께 편성하여 교수하도록 하였으며, 서울 및 지방에 일본어, 중국어, 영어, 불어, 독어 등의 전문적인 외국어학교를 설립하였다. 외국어학교는 1900년 「외국어학교규칙」(1900년6월27일, 학부령 제11호)이 제정되어 세칙이 마련되었고, 1906년에는 「외국어학교령」(1906년8월27일, 학부령 제11호) 및 시행규칙이 제정되어 법적인 체계도 마련해 나갔다. 그리고 고급 의료 인력을 양성하기 위한 「의학교관제」(1899년3월24일, 칙령 제74호)는 1899년에서야 제정되어 다른 전문교육기관보다는 다소 늦게 출범하였다. 그러나 이 법률은 1895년의 「종두의양성소규정」을 계승한 것이며, 「병원관제」(1899년) 등 의료 관련 법제와 함께 발전해 나갔다. 「의학교관제」는 1907년에 「대한의원관제」(1907년3월10일, 칙령 제6호)가 제정되면서 폐지되었고, 대한의원에 부속의학교를 설립하여 의사, 약사, 간호사 등의 의료 인력을 양성하는 것으로 하였다. 그리고 1910년에는 「대한의원부속의학교규칙」(1910년2월1일, 내부령 제13호)을 제정하여, 이 부속의학교에 의학과, 약학과, 산파과, 간호과 등 4개 학과를 설치하도록 하였다.

1910년의 한일강제병합은 우리나라 고등교육 발전에 결정적인 걸림돌이 되었다. 1911년 「조선교육령」에서는 대학교육 등 고등교육은 전혀 고려하지 않았으며, 다만 전문교육 정도를 실시한다는 방침을 명시하고 있다. 그러나 전문교육의 실시마저도 유보적인 입장이었고, 기존에 발전해온 전문학교 수준의 교육기관은 폐교되거나 실업학교 수준으로 격하되었다. 1915년에 이르러서야 비로소 전문교육에 관한 법령인 「전문학교규칙」(1915년3월24일, 부령 제26호)이 제정되었다. 이 「전문학교규칙」은 그동안 사학에서 어렵게 발전시켜온 전문학교들에 대한 억압과 통제를 강화하는 내용으로 「사립학교규칙」이 개정되는 것과 함께 추진되었다. 1921년까지 「전문학교규칙」의 적용을 받아 설립된 전문학교 현황을 보면, 기존의 학교를 확대·승격시킨 법학전문학교(경성전수학교), 경성의학전문학교(의학강습소), 경성공업전문학교(경성공업전수소), 수원농림전문학교(수원농림학교) 등 4개의 관립 전문학교가 설립되었고, 사립으로는 연희전문학교와 세브란스연합의학전문학교 등 단 2곳만이 정규의 전문학교로 인가를 받을 수 있었다.

1922년에 「조선교육령」이 개정되면서 조선에서의 대학교육 등 고등교육 실시 방침이 확정되었다. 기존의 「전문학교규칙」은 폐지되었으며, 대신에 「공사립전문학교규정」(1922년3월7일, 부령 제21호)이 새롭게 제정되어 전문학교 설립 조건이 다소 완화되었다. 이에 따라 주로 사립 전문학교들의 설립이 크게 증가하였고, 약간의 관·공립 전문학교가 증설되었다. 「조선교육령」의 개정은 무엇보다도 조선에서 대학교육의 길을 열어놓은 것이었기 때문에, 민간에서는 민립대학 설립운동이 활발하게 전개되고 있었다. 그러나 일본의 제국대학 모델을 적용한 경성제국대학이 발족하면서, 결국 민간의 자금으로 대학을 설립하려는 노력은 좌초되고 말았다. 1924년 「경성제국대학관제」(1924년5월2일, 칙령 제103호)가 제정·공포됨으로써, 대학예비과정인 예과가 설치되었고 학부과정으로는 법문학부와 의학부가 개설되었다. 경성제국대학은 식민지시기에 조선에 설립된 유일한 대학기관이었다.