애니메이션을 지원하는 기관으로는 주무부처인 문화체육관광부를 중심으로 그 산하에 한국문화콘텐츠진흥원, 영화진흥위원회 등이 있고, 그 외에 독립행정위원회인 방송위원회가 있다. 또한 서울시 산하 서울통상산업진흥원 내 서울애니메이션센터, 경기도 부천시의 경기디지털아트센터(전 경기디지털아트하이브), 강원도 춘천시의 (재)강원정보영상진흥원(전 소양소프트타운진흥원) 등 지자체 산하의 자율적인 지원기관들이 산재해 있다. 각 기관마다 고유하고 자율적인 업무 영역이 있지만, 애니메이션 분야에 대한 책임과 권한을 가지고 있는 기관은 주무부처인 문화체육관광부이다.

문화체육관광부는 1998년 이후 전반적인 국가 문화예산의 확대 속에 애니메이션 관련 지원 재원 역시 증가시켜왔다. 관련 자료에 의하면, 국고, 기금을 포함한 애니메이션 관련 산업은 1999년 88억원 규모에서 2002년에는 127% 증가한 200여억원으로 예산의 절대다수는 문화산업 육성에 집중되었다.

영화진흥위원회는 애니메이션에 대해 제작지원과 국내외 마케팅 지원을 주로 하였으며 서울애니메이션센터는 애니메이션의 모든 분야를 관여하지는 못하며, 독립 애니메이션 제작지원과 각종 교육사업, 마케팅 등 독립 애니메이션에 대한 체계적이고 전문적인 지원 사업을 시행하고 있다. 한국문화콘텐츠진흥원은 애니메이션 부분에서 극장용 장편영화 및 단편, 예술영화를 집중 지원하는 영화진흥위원회와 차별화하여 상업 방송용 애니메이션의 제작·유통·마케팅 등 산업 활성화를 표명하였다.

애니메이션산업의 중장기적 육성을 위한 계획의 기본 방향은 기획·창작 능력의 배양을 위한 여건 및 환경을 조성하고, 인력양성을 중심으로 한 산업적 자립 기반 구축을 위한 인프라의 조성 및 제작·유통·해외시장 진출상의 산업 연계 및 시너지 효과 창출 그리고 선택과 집중을 통한 진흥사업의 효율성·공정성 확보이다.

먼저 전문인력 양성을 위해서 애니메이션 전문인력의 전문성 강화, 애니메이션 예술아카데미 교육 강화, 애니메이션 전문인력 D/B구축, 산·학 협력 체제 구축에 힘을 쏟고 있으며 창작 및 제작을 활성화하기 위한 지원책으로 우수 애니메이션 사전 제작비 지원, 분기별 창작 애니메이션 시상제도 신설, 만화가와 애니메이션 기획인력간 교류 활성화, 외국기업과의 공동제작, 전략적 제휴 강화를 도모하고 있다. 애니메이션 발전에 인력양성만큼 중요한 것은 마케팅이다. 이를 위해 해외 영화제, 견본시 등의 국제행사에 참가할 수 있도록 지원하고 있으며 해외 및 국내 업체 관련 자료 D/B 및 정보 제공 서비스 실시를 통한 국제 업체간 교류기회를 활성화하고 있다. 이러한 모든 과제를 보다 효율적이고 지속적으로 수행하기 위하여 법·제도 정비도 추진해 오고 있다.