또한 연안해역의 오염을 집중적으로 관리하기 위하여 외해와의 해수순환이 원활하지 못한 반폐쇄성 해역으로서 해역의 오염도가 심각한 4개 해역 총 934km2을 1982년 환경청 고시에 의해 특별관리해역으로 지정하여 관리해 오고 있었다. 그러나 이 해역의 관리에 있어서 육지부가 배제된 채 해역 중심으로 지정함으로써 효과적인 오염저감대책의 추진이 곤란하고 지정범위가 광범하여 집중적인 관리가 어려우며, 수산자원의 지속적인 이용 및 보전을 위한 관리해역 지정과 관리대책이 미흡할 뿐 아니라 특별관리해역 지정에 다른 주민과의 마찰 해소를 위한 대책수립이 어렵다는 문제점을 가지고 있었다. 

따라서 1999년의 개정법안에서 특별관리해역에 대한 내용을 보완하여 별도로 규정하게 되었다.

2008년 현재 환경보전해역은 전국적으로 4개 해역에 1,882.22km2(육역 933.01km2, 해역 949.12km2)가 지정되어 있는데 가막만(총 255.3km2, 육역 101.13km2, 해역 154.17km2), 득량만(총 550.25km2, 육역 234.51km2, 해역 315.74km2), 완도․도암만(총 769.98km2, 육역 431.50,km2 해역 338.48km2), 함평만 환경보전해역(총 306.6km2, 육역 165.87km2, 해역 140.73km2)이 그것이다. 다음 특별관리해역은 전국적으로 5개소에 2,890.85km2(육역 1,718.44km2, 해역 1,172.41km2)가 지정되어 있는데 부산연안이 741.5km2(육역 505.77km2, 해역 235.73km2), 울산연안이 200.89km2(육역 144.29km2, 해역 56.56km2), 광양만이 465.93km2(육역 334.56km2, 해역 131.37km2), 마산만이 300.65km2(육역 157.66km2, 해역 142.99km2), 시화호․인천연안이 1,181.88km2(육역 576.12km2, 해역 605.76km2)가 그것이다.