그러다가 1995년부터 농어촌특별세(농특세)가 신설됨에 따라 정부에서는 향후 10년 간 5,300억 원으로 150개 권역에 대해 권역 당 35억을 지원하는, 새로운 어촌종합개발사업을 시작하였다. 「농어촌구조개선 특별회계법」제5조 제2항에 의하면농어촌구조개선 특별회계로 수산부문에 지원할 수 있는 사업은 어항건설, 양식어업 및 어촌종합개발을 들고 있는데 이에 의거하여 이 사업을 본격화하기 시작하였다. 

이 사업에 대한 당시의 시행지침을 보면, 권역 내 어촌계 또는 부락단위의 지역안배식 선정을 지양하고, 시범개발사업권역에 대해서는 기본계획을 수립함과 동시에 주택개량, 상하수도 등 지역 종합개발사업과 연계하여 추진하도록 하고 있다. 이후 이 사업은 계획에 따라 추진이 되었는데 지역안배식 선정은 여전하였고, 특히 2000년 상반기에 들어서 정부업무 주요정책과제 심사평가 결과 소득원 개발사업 내용 중 민박시설, 횟집 등 어업인들이 독자적으로 시행할 수 있는 사업에 대해서는 지원을 할 수 없도록 하였고, 2005년 5월 31일 법률 제7571호로 「어촌어항법」이 제정되면서 이 사업의 근거법령이 기존의 농어촌정비법에서 「어촌어항법」으로 변경되었다.

첫째, 생산기반시설사업으로서 이는 다시 선착장, 물양장 등 어선계류시설사업과 선착장 진입로, 해안도로 등의 해안시설사업으로 구분이 된다. 

둘째, 소득기반시설사업으로서 이것은 다시 공동작업장․어업용 창고 등의 육상수산시설사업, 산지 간이위판장․임시축양수조 등의 유통시설사업, 해안소공원․어촌관광안내소․낚시터 조성 등의 어촌관광기반시설사업으로 구분이 된다. 

셋째, 생활환경 개선 및 복지시설사업으로서 이것은 다시 마을진입도로 정비사업․상하수도시설사업․공동화장실 등 어촌환경시설사업과 어업인회관사업․경로당․해안친수시설 등 복지시설사업으로 구분이 된다.