2009년 에너지·자원부문의 재정은 1993년에 설치된 에너지 및 자원사업특별회계와 2000년 말에 설치된 전력산업기반기금으로 구성된다.

첫째, 에너지 및 자원사업특별회계의 설치 배경을 살펴보면 다음과 같다.
1995년 이전까지 각종 에너지 및 자원사업은 대부분 정부예산이 아닌 석유사업기금, 석탄산업육성기금, 석탄산업안정기금, 에너지이용합리화기금, 해외자원개발기금 등과 같은 기금형태로 지원되고 있었으나 각 기금 예산사업의 구분이 불분명한 점이 있었으며, 사업의 우선순위보다는 재원사정에 따라 예산이 지원되고 있다는 지적이 있었다.

이에 정부는 기금 통폐합을 통해 재정체계를 단순·명료화시키고 국가재정의 책임성을 확보하기 위해 1994년 에너지 및 자원사업특별회계를 설치하고, 1997년 1월에는 그 동안 민간관리기금으로 운용해오던 가스안전관리기금도 에특회계로 통합하였다.

둘째, 전력산업기반기금의 설치 배경을 살펴보면 다음과 같다.
정부에서는 2001년 4월 발전부문을 6개의 발전회사로 분할하는 등 전력산업의 구조개편을 추진하게 되었다. 그러나 전력산업부문의 경영합리화와 시장원리에 따른 자원배분의 효율성 제고 등 편익증대와는 별도로 그동안 한국전력공사가 준정부적 입장에서 수행해 왔던 여러 가지 공익적 사업의 지속적인 수행이 문제점으로 대두되었다.
이에 따라 전력산업 구조개편 이후에도 공익적 기능의 차질 없는 수행과 전력산업의 경쟁력 강화 및 지속적인 성장기반 구축을 위해 그 동안 한국전력공사에서 전기요금 중 일부를 가지고 수행하던 공익기능들을 정부로 이관하고 이에 대한 재원확보를 위해 전력산업기반기금을 설치하게 되었다.

에특회계는 에너지의 수급 및 가격 안정과 에너지 및 자원관련 사업을 효과적으로 추진하기 위하여 지식경제부장관이 운용·관리하도록 하고 있다. 동 회계는 투자계정과 '융자 및 유가완충 계정'으로 구분되어 있으며, 투자계정에서는 에너지 및 자원관련사업에 대한 보조·출연·출자 등을 할 수 있도록 하고, '융자 및 유가완충 계정'에서는 에너지 및 자원 관련사업에 대한 융자와 국내 석유가격의 안정적 관리를 위한 유가완충 기능을 수행하도록 하였다.

에특회계의 재원은 석유 등 수입에너지원에 대한 부과금, 국내판매 부과금 및 가스안전관리부담금의 징수와 기존 6개 기금으로부터 승계받은 융자채권의 원리금상환 및 일반회계로부터의 전입금 등으로 조달하도록 규정하였다. 또한 유가완충기능을 효과적으로 수행하기 위하여 회계연도 내에 사용되지 아니한 유가완충 예산은 비상시에 대비하여 유가완충준비금으로 적립하도록 하고, 국제유가 급등시 국무회의의 심의를 거쳐 사용할 수 있도록 하였다.

2006년도 세출예산은 신·재생에너지의 개발·보급, 에너지·자원 기술개발, 에너지절약 및집단에너지공급 등 지속가능한 에너지시스템구축사업에 9,402억원, 석유비축, 국내외유전개발, 도시가스공급, 석유품질관리 및 가스안전관리 등 석유·가스의 안정공급기반 구축사업에 8,409억원을 편성하였다.

또한, 석탄가격안정대책, 폐광대책 및 폐광지역진흥지구개발 등 석탄산업합리화사업에 5,149억원, 일반광업육성, 광산지역 공해방지 및 해외자원개발 등 일반광업자원 개발사업에 1,527억원, 에너지정책연구 등 기타 에너지정책사업에 90억원, 투자계정에서 융자계정으로의 전출금 1,583억원, 예비비를 131억원으로 편성하였다.

산업자원부(현 지식경제부)의 2006년 에특회계 세출총계는 2조 6,310억원이었고, 에특회계 내의 계정간 전출금을 제외한 세출순계는 2조 4,724억원이며, 보건복지부(현 보건복지가족부)의 장애인 LPG차량 연료가격보조 등 타부처 사업비는 3,762억원이었다.

전력산업기반기금은 전력산업의 지속적인 발전과 전력수급의 안정을 위하여 필요한 공익사업으로 전력수요관리사업, 전력산업연구개발사업, 인프라구축지원사업, 전력공익사업, 타에너지지원사업 등을 수행하고 있다.

정부는 전력산업의 지속적인 발전 및 전력수급의 안정을 위한 전력산업기반조성계획을 매 3년마다 수립하고 연도별 시행계획을 수립하여 이를 정부, 시민단체 및 산학연 전문가로 구성된 전력정책심의회의 심의를 거쳐 시행토록 하고 있다.

전기요금에 따라 부과되는 부담금 징수업무는 한전에 위탁하고, 기금관리 및 전력산업기반조성사업의 기획·관리·평가업무 전담기관의 역할은 한전 전력기반조성사업센터가 수행하며, 각 사업은 사업별 특성에 따라 공모 또는 지정한 주관기관에서 수행하도록 하고 있다.

2006년의 전력산업기반기금은 법정부담금(1조49억원), 가산금(14억원), 융자금원금회수(71억원), 기타이자수입 등(926억원), 정부예금회수 등(9,714억원)으로부터 총 2조773억원을 조달하여, 신·재생에너지전원보급지원사업(490억원), 전력수요관리사업(1,364억원), 전력산업연구개발사업(2,349억원), 인프라구축지원사업(497억원), 전력공급지원사업(980억원), 전기안전관리지원사업(665억원), 발전소주변지역지원사업(1,873억원), 타에너지지원사업(2,868억원), 전력기반조성융자사업(1,798억원) 등을 운용하였다.