1995년 12월 개정된 「도시교통정비촉진법」에는 혼잡통행료의 부과·징수에 관한 사항이 본조 신설되었으며, 서울시는 혼잡통행료제도 시행을 위한 기본연구, 시민, 교통전문가, 관련업무 담당자를 대상으로 한 혼잡통행료제도의 시범실시를 위한 공청회를 개최하고, 혼잡통행료제도 입안을 통하여 남산 1, 3호 터널을 대상으로 혼잡통행료제도의 시범사업을 우선적으로 시작하였다. (1996년 11월 11일) 이후 2001년 조례개정으로 징수대상을 6인승이하 승용차에서 10인승 이하 승합차로 확대하였으며, 2003년에는 경승용차 통행료 50% 감면, 2004년에는 승용차요일제 참여차량 50% 감면하여 시행하고 있다.
서울시는 지난 1996년 11월 11일 남산1호터널과 남산3호터널에서 혼잡통행료 징수를 개시했다. 통행료 징수대상은 2인 이하의 인원(운전자 포함)이 탑승한 10인승이하 승용·승합자동차로 통행요금은 2,000원이다. 단 경승용차(800cc미만, 티코, 마티즈, 비스토, 아토스 등)에 대해서는 2003년 7월 25일부터 통행료 50% 감면혜택을 주었으며 2004년 7월 1일부터승용차요일제 참여차량(스티커 부착차량)에 대해 통행료 50% 감면을 시행하고 있다. 단 기 감면중인 경승용차는 제외되며 미납시 과태료가 10,000원이 부과된다. 통행료 징수시간은 월요일~금요일까지 오전7시 ~ 오후9시로 토·일요일·공휴(국경)일은 무료로 통행할 수 있다.