군사정부는 경제개발계획을 시행하기 위해서 막대한 개발자금을 필요로 하였으나 국내자본 축적이 미흡하고 외자도입도 쉽지 않은 상황에서 일본으로부터 유무상차관도입을 전제로 하는 대일청구권자금 협상과 연계된 한일국교정상화 협상을 적극적으로 추진하였다. 우리나라와 일본은 장기간 이끌어온 협상을 마무리하고 1964년 12월 18일에 양국간에「대한민국과 일본국간의 재산 및 청구권에 관한 문제의 해결과 경제협력에 관한 협정」에 관한 비준서를 교환하고 1965년 6월 22일에 한일기본조약 등 25개 협정을 정식으로 조인하였다.

1965년 12월 17일 대일청구권 및경제협력 협정이 정식 발효되었다. 한국은 이 대일청구권 자금을 이용하기 위해 1966년 2월 19일에「대일청구권자금의 운용 및 관리에 관한 법률」을 제정하고 그 법에 따라 국무총리를 위원장으로 하는 대일청구금관리위원회가 설치되었다. 

우리나라는 일본 측과 협의하여 청구권 사용방안중 제1차년도 실시계획을 1966년 4월 20일 결정짓고 그것이 국회의 동의를 거쳐 4월 27일 공고됨에 따라 5월부터 청구권자금이 사용되기 시작하였다.

대일청구권자금은 일제 식민지시대에 수탈당한 한국인의 재산권에 대한 보상뿐 아니라 기타 징병, 징용등 일본의 식민지 지배에 대한 포괄적인 배상으로서의 성격을 가진 것이었다.

이 청구권자금의 규모는 무상자금이 3억달러이고, 유상재정자금이 2억달러이고, 기타 상업차관이 3억 + α 달러가 제공될 예정이었다. 무상자금 3억 달러는 1945년 8월 15일 현재 대일본채권의 추산액이었다. 1966년부터 1975년까지 10년간 생산물로 무상으로 제공하되 협정 당시 대일채무 4,573만 달러는 상계하기로 하였다. 유상자금 2억 달러는 상호독립과 주권을 존중하고 호혜평등의 원칙 아래 공동이익을 증진시키고 또한 경제개발에 필요한 외자를 제공하는 것으로 10년간 일본의 해외경제협력기금을 통해 산업시설과 기계류 등을 연리 3.5%의 저리의 공공차관으로 제공하는 것이었다.

우리나라 정부는 청구권자금을 사용하는 기준으로 가급적 모든 국민이 이익을 균등하게 받을 수 있고, 국민소득의 증가를 가져올 곳에 쓰고, 시설자금 원자재 또는 기계류를 불문하고 한국의 주도적의 의사에 따라 사용되어야 하고, 후손에게도 두고두고 기념이 될 수 있는 대단위사업에 사용되어야 한다는 원칙을 제시하였다. 이러한 기본 방향은 1966년 2월 19일에 제정 공포된 청구권자금의 운용 및 관리에 관한 법률에 반영되었다.

우리 정부는 무상자금은 농어민소득증대에 기여할 수 있는 것으로 농업용수개발, 농업기계화, 산림사업육성, 수산증식사업 등에 집중 사용하도록 하였고, 또한 이 자금을 공업화에 따른 기술개발을 지원하기 위한 각종 과학기술연구기기 및 각급학교 실험실습기자재 도입과 산업연관효과가 큰 포항제철 공장건설을 위한 자본재 도입에 주로 사용하였다. 유상자금은 균형된 산업개발을 통하여 국민생활 향상에 기여할 수 있는 소양강다목적댐 건설, 산업기계공장의 건설, 농업수산 및 중소기업 진흥을 위한 지원, 고속도로 등 수송시설 확충, 발전통신시설의 확장에 충당하였다. 그리고 차관운용으로부터 생긴 원화자금은 농수산진흥, 과학기술의 개발, 국토개발의 사업 지원에 사용하도록 하였다.

정부는 대일청구권자금에서 생기는 원화자금을 효율적으로 관리운용하고 민간보상문제를 원활하게 타결하기 위하여 1966년 4월 2일 청구권자금관리특별회계를 설치하였다. 이 특별회계는 징수금계정과 차관계정으로 구분하였는데, 징수금계정에서 세입은 재무부장관이 관리하고, 세출은 중앙관서의 조직별로 구분하여 운용하도록 하였으며 차관계정은 재무부장관이 관리하도록 하였다. 징수금계정에서는 「대한민국과 일본국간의 재산 및 청구권에 관한 문제해결과 경제협력에 관한 협정」에 의해 도입되는 물자의 판매수입과 용역의 제공을 통해 징수되는 금액 및 이와 관련되는 기타 수입이 세입이 되고 각종 사업과 민간청구권 보상, 위원회 경비가 세출이 되었다.차관계정에서는 한국정부가 일본정부로부터 받는 차관자금에 대한 전대금의 원리금 회수, 차관자금의 운용으로부터 생기는 원화자금과 융자금의 원리금 회수, 기타수입이 세입이 되고, 경제개발을 위한 융자, 원리금 상환, 기타 경비 등이 세출이 되었다. 이와 같이 관리 운용된 대일청구권자금은 1966년부터 10년간 연차적으로 자금도입계획에 따라 집행되었으며, 제2차 경제개발5개년계획의 주요재원으로 사용되었다.

당시 정부가 경제개발계획을 시행하기 위해서 막대한 개발자금을 필요로 하였으나 국내자본 축적이 미흡하고 외자도입도 쉽지 않은 상황에서, 일제 식민지시대에 수탈당한 한국인의 재산권에 대한 보상뿐 아니라 기타 징병, 징용 등 일본의 식민지 지배에 대한 포괄적인 배상으로서의 성격을 가진 대일청구권자금 협상과 연계된 한일국교정상화 협상을 국내의 격렬한 반대에도 불구하고 적극적으로 추진한 결과 , 일본과의 경제적 교류를확대하는 동시에대일청구권자금이라는 사실상의 외자를 도입하는 것에 성공하였다. 이 대일청구권 협상은 정치적으로 일본의 영향력을 도리어 강화시키는 결과를 가져왔으나, 경제적으로는 경제개발계획을 성공시키는 것에 적지 않은 도움이 되었던 것이다.

「한일 기본조약 및 협정」(1965년 6월 22일)

「대일청구권 및 경제협력협정」(1965년 12월 17일)

「대일청구권자금의 운용 및 관리에 관한 법률」(1966년 2월 19일)

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