1.국립문화재연구소 기능 강화
문화재연구소의 연구기능 재조정 및 조직·인력 확충 등 전문성을 강화하기 위해 대전 대덕연구단지내로 이전하여 문화재청 및 한국전통문화학교와의 업무협력을 확대하였다.
발굴 출토유물 급증으로 긴급 보존처리 대상유물에 비해 처리 능력은 10%에 불과한 실정이다. 또한 전문 발굴기관은 124개소인데 전문 보존처리기관은 19개로 15% 수준이어서 출토유물의 과학적 보존처리를 전담하는 기관이 부족하여 ｢한국문화재보존연구원｣이 설립되었다. 

2. 문화권유적 조사 연구
고대 도시계획에 따라 구획, 정비된 경주 왕경(王京)유적의 실체를 확인하기 위한 발굴조사를 진행하고 있다. 황룡사, 월성 등 도성 핵심지역에 대한 장기 발굴조사 연구를 진행 중인데 전체 발굴대상 면적 20만평 중 연간 1만평 발굴 실시하였고 왕경, 월성해자, 분황사지 등 40개 유적을 발굴하고 보고서를 발간하였다.향후 왕경의 궁궐터 및 도시계획 구조조사, 도서 인근 사적조사를 실시할 예정이다.

백제문화권 유적의 체계적 보존·정비를 위한 학술조사 및 발굴을 실시하고 있는데 부여·익산의 백제시대 유적을 집중 조사 연구하고 있다. 익산 미륵사지, 왕궁리 유적을 조사하였고,익산 왕궁리, 부여 부소산성, 백제 왕경유적, 궁남지 조사, 부여 왕흥사지를 발굴조사할 예정이다. 

가야문화권내 아라가야, 소가야 등 실체 규명이 미흡했던 유적을 중심으로 체계적인 조사 연구를 실시하기 위해 함안 성산산성, 고성 내산리고분군 등 발굴, 대가야 권역(하동, 함양, 거창, 산청 등)유적을 조사할 예정이다. 

3. 중요유적 조사 연구
강원·경기지역의 문화유적의 연차적 조사, 영산강유역 문화유적 조사연구, 전국의 문화유적에 대한 학술조사를 실시하고 있다. 경주 천마총, 익산 미륵사지 등 90여 개 유적을 1969년부터 1990년까지 조사하였고 연천 삼곶리 적석총, 완도 청해진 등 20여개 유적을 1995년까지 조사하였으며 또한 풍납토성, 나주 복암리 등 20여 개 유적을 2000년까지 조사하였다.경기 서해안의 옹진군 대연평도 패총, 양구 선사유적, 경기·강원지역의 백제, 고구려 도성관련 유적을 조사할 예정이다.

해외유적 공동조사도 실시하고 있는데 중국소재 고구려·발해 도성 관련 유적 공동조사, 러시아 소재 선사유적 및 연해주지역 발해유적 공동조사를 실시할 예정이다. 2001년까지 한중 도성 비교연구 실시, 불교관련 유적 현황조사, 러시아 극동 선사유적이 조사되었고,동북 3성 집안고분 등 역사유적 합동조사, 러시아 소재 선사유적, 발해유적 공동조사를 실시할 예정이다. 

4. 미술공예연구
회화, 조각, 공예 등 분야별 종합학술조사를 실시하여 총람 발간 및 DB를 구축하였다. 또한 불화 조사보고서, 석등 조사보고서, 범종 조사보고서, 경주 남산 불교유적 조사보고서를 발간하였다. 향후전통단청 종합조사, 전국 부도 조사, 불구류 종합조사를 실시하고 미술공예 총람을 발간할 예정이다.
목조문화재의 기초조사를 실시하여 한국건축의 특징과 역사적 변천을 연구하는데, 서울·경기, 강원, 충북, 경북지역 향교 건축 조사를 바탕으로 중요 목조문화재 건조기법 조사 및 모형을 제작할 예정이다. 또한 자연재해로부터 석조문화재의 훼손을 방지하기 위한 석조건축물의 정밀 실측조사를 실시하고 있다.