1990년대에 들어와 과학기술처는 21세기를 대비하여 과학기술투자를 획기적으로 확대할 목적으로 과학기술기본법(안)을 입안하기 위해 많은 노력을 기울였다. 그러나 그러한 작업은 정부부처 사이의 갈등으로 인하여 순조롭게 추진되지 못했고, 결국 1997년에 5년간의 한시적인 법률 형태로 「과학기술혁신을 위한 특별법」이 제정되기는 것으로 이어졌다. 동 법은 과학기술혁신을 위하여 특별한 지원시책을 추진함으로써 국가경제의 발전과 국민의 삶의 질 향상에 이바지함을 목적으로 삼고 있다. 

「과학기술혁신을 위한 특별법」은 1997년 4월 10일에 법률 제5340호로 제정되었으며, 1998년 2월 28일, 1999년 1월 29일, 1999년 5월 24일, 2000년 1월 28일, 2000년 12월 30일에 일부 개정되었다. 동 법이 1999년 1월 29일에 개정될 때에는 국가과학기술위원회와 한국과학기술평가원에 관한 조항이 신설되었다. 동 법은 「과학기술기본법」이 제정되는 것을 배경으로 2001년 1월 16일에 폐지되었다.

가. 과학기술혁신 5개년 계획의 수립
교육과학기술부 장관은 동 법의 목적을 달성하기 위하여 과학기술혁신 5개년 계획을 관계중앙행정기관의 장과의 협의 및 국가과학기술위원회의 심의를 거쳐 수립한다. 과학기술혁신 5개년 계획에는 ① 국가연구개발사업의 투자재원의 확대목표 및 추진계획, ② 중점국가연구개발사업 추진계획, ③ 기초연구를 위한 투자확대의 목표를 포함한 기초연구진흥계획, ④ 이공계대학의 연구활성화, 인력양성 및 활용계획, ⑤ 엔지니어링기술진흥계획, ⑥ 국방분야의 연구개발투자의 확대 및 민·군 겸용기술개발계획, ⑦ 중소기업을 포함한 기업의 기술개발지원계획, ⑧ 과학기술교육의 내실화 및 시설확충계획, ⑨ 과학기술분야의 정보유통 및 연구시설의 확충 등 과학기술의 기반조성계획, ⑩ 사회간접자본 관련 기술개발계획 등이 포함되어야 한다. 교육과학기술부 장관은 과학기술혁신 5개년 계획의 전년도 추진실적 및 당해연도 추진계획을 종합하여 국가과학기술위원회에 보고해야 한다.

나. 국가과학기술위원회의 설치
정부는 과학기술관계부처간 긴밀한 협조체제 구축과 과학기술관련 주요정책·연구개발계획·사업의 조정 및 예산의 효율적 운영 등에 관한 사항을 심의하기 위하여 국가과학기술위원회를 둔다. 국가과학기술위원회는 ① 과학기술진흥을 위한 주요정책 및 계획의 수립·조정에 관한 사항, ② 과학기술혁신 5개년 계획에 관한 사항, ③ 과학기술 관련 예산의 확대방안에 관한 사항, ④ 매년도 국가연구개발사업의 우선순위 설정 등 사전조정과 예산의 효율적 운영에 관한 사항, ⑤ 기초기술연구회, 산업기술연구회 및 공공기술연구회의 발전방안에 관한 사항, ⑥ 대통령령이 정하는 연구기관의 평가와 발전방안에 관한 사항, ⑦ 관계중앙행정기관의 장이 심의를 요청하는 사항 등을 심의한다. 국가과학기술위원회는 위원장 1인을 포함한 20인 이내의 위원으로 구성하되, 위원장은 대통령이 되며 간사위원은 교육과학기술부 장관이 된다.

다. 한국과학기술평가원의 설립
국가연구개발사업을 효율적으로 지원하기 위하여 한국과학기술평가원을 설립한다. 한국과학기술평가원은 법인으로 하며, 정부는 예산의 범위 안에서 한국과학기술평가원의 설립·운영에 필요한 경비를 출연할 수 있다. 한국과학기술평가원이 수행하는 사업에는 ① 국가연구개발사업에 대한 조사·분석·평가 등의 지원, ② 과학기술정보의 분석, 중·장기 기술예측 및 단기 기술수요조사, ③ 대통령령이 정하는 국가연구개발사업에 대한 연구기획·평가·관리에 관한 사항 등이 포함된다.

라. 과학기술진흥기금의 확충
정부는 투자재원의 확대목표 및 추진계획을 달성하기 위하여 과학기술진흥기금을 확충하는 계획을 수립·추진하고, 교육과학기술부 장관은 그 실적을 매년 국가과학기술위원회에 보고해야 한다. 교육과학기술부 장관은 과학기술진흥기금의 확충을 위하여 정부투자기관 및 정부출자기관 등에 대하여 과학기술진흥기금에의 출연을 권고할 수 있다. 이와 함께 교육과학기술부 장관은 과학기술진흥기금의 재원에 충당하기 위하여 기술개발복권을 발행할 수 있다.

교육과학기술부 홈페이지(http://www.mest.go.kr/)

국가법령정보센터 홈페이지(http://www.law.go.kr/)