국가연구개발사업 종합관리시스템은 각 부처가 추진하는 모든 국가연구개발사업을 한 눈에 파악할 수 있는 데이터베이스 시스템에 해당한다. 국가연구개발사업 종합관리시스템은 정부의 모든 연구개발 추진동향을 실시간으로 분석하고 중복 연구과제를 사전에 파악함으로써 국가연구개발예산의 투자 효율성을 제고하기 위해 추진되었다. 이를 통해 각 부처로 하여금 타 부처의 연구개발정보를 상시적으로 공유하게 함으로써 소관 연구개발정책의 기획과 연구사업의 관리에 적극 활용할 수 있게 하였고, 산·학·연 연구자에게는 정부가 추진하는 모든 국가연구개발정보를 공개함으로써 연구성과를 손쉽게 활용할 수 있도록 하였다. 이와 함께 국가연구개발사업을 직접 수행하는 연구자에게 도덕적 책임감을 고양하여 연구의 질을 높일 수 있도록 유도하기 위한 목적도 고려되었다. 

국가연구개발사업 종합관리시스템의 필요성은 각 부처가 국가연구개발사업을 본격적으로 추진하기 시작했던 1990년대 중반부터 꾸준히 제기되어 왔다. 특히, 1999년에 국가연구개발사업 조사·분석·평가 제도가 실시되면서 효과적인 종합관리시스템의 구축에 대한 공감대가 널리 확산되었다. 2000년 상반기에는 초기 형태의 시스템을 구축하였고, 2001년 5월에 국가연구개발사업 종합관리시스템 구축계획이 마련된 후 같은 해 10월에 본격적인 시스템 구축이 마무리되었다. 

그 후 3개월 동안의 점검보완기간을 거쳐 2003년 1월 15일부터 국가연구개발사업 종합관리시스템이 공식적인 운영에 들어가게 되었다. 국가연구개발사업 종합관리시스템은 크게 ① 국가연구개발사업 현황 정보, ② 국가연구개발사업 통계 정보, ③ 국가연구개발사업 정보 검색, ④ 국가연구개발사업 유사도 검색 등의 네 가지 부문으로 이루어져 있다.

가. 국가연구개발사업 현황 정보
정부 각 부처에서 추진하고 있는 국가연구개발사업의 현황을 한 눈에 펼쳐볼 수 있는 부문이다. 국가연구개발사업의 추진체계, 부처별 추진현황, 재원별 추진현황, 분야별 추진현황 등으로 구성되어 있다. 이를 통해 국가연구개발사업에 대한 기본적 정보와 구조적 위치를 파악할 수 있다.

나. 국가연구개발사업 통계 정보
이 부문은 90여 개의 DB 연계기관으로부터 실시간으로 입력된 세부연구과제 정보를 다양한 통계기준에 따라 온라인상에서 분석하고 있다. 이를 통해 국가연구개발사업이 현재 어느 부처에서 누구에게, 얼마나, 어떻게, 무엇을 위해 투자되고 있는지를 알 수 있다. 세부적으로는 기본통계, 2×2 통계, 전문통계로 구분된다.

다. 국가연구개발사업 정보 검색
이 부문은 각 부처의 국가연구개발사업을 검색하는 “연구사업 검색”과 세부연구과제를 검색하는 “연구과제 검색”으로 구분된다. 이러한 기능을 통해 연구자, 과학기술, 수행기관 등을 다양하게 검색할 수 있으며, 사업별 혹은 과제별로 유사한 성격을 가진 것을 도출하여 집단화할 수 있다.

라. 국가연구개발사업 유사도 검색
각 부처에서 연구사업이나 연구과제를 추진하기 전에 기존에 추진되었던 연구사업이나 연구과제와의 중복성 혹은 유사성이 있는지를 실시간으로 점검하는 부문이다. 많게는 수천 건의 연구과제를 한번에 입력하여 수 분 내에 유사도 결과를 도출해낼 수 있는 연구요약서 중심의 검색엔진을 탑재하여 운영하고 있다.

과학기술부,《과학기술연감》, 2002-2003