가.1980년 정부출연연구기관 통폐합
1980년말 정부출연연구기관이 지나치게 많이 설립되어 비효율적인 운영문제가 제기되면서 정부출연연구기관 통폐합과 함께 정부출연금 지급방식이 변경되었다. 운영효율을 높이기 위한 통폐합으로 모든 이공계 출연연구소를 과학기술에 대한 종합계획수립 및 행정총괄기능을 담당한 과학기술처가 관장하게 되었다. 그리고 단위연구소는 기관장의 운영능력 및 관리의 폭을 감안하여 능률적인 관리운영을 할 수 있는 적정규모로 통합하되 연구기관이 담당할 기능의 유사성을 감안하고 과학기술분야 또는 산업분야가 유사한 분야를 통합하고 단위기관의 규모가 커감에 따라 분리·독립시키기로 했다. 그리고 정부가 지급하는 출연금을 인건비를 포함한 기본운영비를 연구원 당 경비기준으로 산출하여 지급하고 연구비 및 시설 관련 비용은 사업별로 심의 조정하는 형식으로 변경하여 출연금의 지급 효율을 높이고자 했다.

나. 연구과제중심 운영체제(PBS) 도입
정부가 출연연구기관의 기본운영비를 지급하는 방식에 대한 문제가 제기되면서 1996년 연구과제중심운영제도(Project Based System)가 도입되었다. PBS제도란 연구사업 기획, 예산배분, 수주 및 관리 등 연구관리체계의 전반적인 프로세스에서 프로젝트(연구 또는 사업과제) 단위를 중심으로 경쟁체제에 의하여 운영·관리하는 제도로서 성과와 활동, 예산을 연계시킴으로써 정부출연연구기관의 효율적인 운영을 이끌어낼 수 있을 것으로 기대되었다.

다. 정부출연연구기관의 문제점
연구과제중심운영제도가 도입된 후 경쟁적 연구개발과제에 대한 수주경쟁이 높아지면서 운영 효율이 높아졌지만 그에 대한 부작용도 있었다. 경쟁적 과제에 대한 의존도가 커져 연구자 1인이 다수의 연구과제를 수행하게 되어 연구역량이 분산되는 문제가 생겨났다. 출연금과 관련된 문제 외에도 정부출연연구기관에 대해 몇 가지 문제점이 지적되었다. 정부출연연구기관이 산업체 및 대학과의 협동연구가 부족하고 외부 우수인력의 활용도가 저조하는 등 조직의 개방성 및 인력의 유동성이 부족하다는 점과 산업체의 기술개발 수요를 충족시키는 연구가 부족하고 연구개발성과를 산업활동과 연계하는 기술이전체계 및 사업화노력이 부족하다는 점이 대표적인 문제점으로 지적되었고, 이를 개선하기 위한 노력이 계속되고 있다.

라. 과학기술혁신체제로의 변화
2004년에 이르러 정부는 정부출연연구기관이 21세기 지식기반사회에서 요구받는 혁신체제로서의 기능을 효율적으로 수행하도록 하기 위해「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」을 제정하여 과학기술분야 3개 연구회 및 19개 소속 연구기관을 국가과학기술위원회로 이관하였다. 이에 따라 과학기술혁신체제와 정부출연연구기관의 육성·지원 업무를 연계시킴으로써 기술선진국 진입에 대비할 수 있는 기능을 효율적으로 수행할 수 있는 외형적 기반을 마련하게 되었다. 정부는 정부출연연구기관이 기술혁신주체로서 창조적 역량을 강화할 수 있게 지원하며 안정적 연구분위기 조성 및 사기진작을 통해 정부출연연구기관과 연구회가 효율적으로 운영될 수 있도록 시책을 마련해서 추진하고 있다.

과학기술처/과학기술부,《과학기술연감》, 각 연도

과학기술처·과학기술정책관리연구소,《과학기술처 출연연구기관 백서》, 1998

과학기술처,《과학기술 30년사》, 1997