가. 정부출연연구기관의 태동 및 성장
정부출연연구기관 육성은「한국과학기술연구소육성법」에서부터 시작했다. 이 법은 정부가 한국과학기술연구소의 설립과 운영을 위해 출연금을 지급하고 국유재산을 무상으로 대부하는 등의 지원을 하지만 사업계획서는 정부의 승인이 아닌 주무장관에게 보고만하고, 정부로부터 직접적인 회계감사를 받지 않는 대신 정부가 지정하는 공인회계사의 감사를 받은 세입세출결산서를 주무장관에게 제출하도록 하여 연구소의 자율적 운영을 보장해주었다. 1973년 제정된「특정연구기관육성법」도 동일한 내용을 담고 있었으며, 이 법에 의해 신설되는 정부출연연구기관들도 별도의 육성법이 없이 한국과학기술연구소와 동일한 지원을 받을 수 있게 되었다. 정부의 적극적인 육성책에 힘입어 1980년 후반 현재 과학기술분야 정부출연연구기관이 모두 19개에 이르게 되었다.

나. 정부출연연구기관의 기능 조정
정부의 적극적인 육성책에 힘입어 1980년 후반기 과학기술분야 정부출연연구기관이 모두 19개에 이르렀으나 운영상 문제점이 나타남에 따라 정부는 연구소의 통폐합을 추진하여 9개 연구소로 조정했으며, 그동안 연구비 형태로 지급하던 출연금을 인건비를 포함한 기본운영비로 지급하는 형식으로 변경했다. 이는 연구소의 입장에서는 안정적인 재원확보가 가능하다는 장점이 있었지만 한편으로 연구소 운영에 대한 정부의 통제가 강화되는 결과를 낳았다. 1991년에는 국가경쟁력 강화대책의 일환으로 과학기술분야 정부출연연구기관 22개에 대하여 정밀점검과 합동 평가를 실시하여 평가결과에 따라 중복부분을 정리하는 2차 구조조정을 단행하고 정부출연연구기관의 자율성 제고 및 과학기술정책기능을 강화했다.

다. 연구회 체제 도입
1990년대에 들어 산업계와 대학의 연구개발 역량이 크게 향상되어 정부출연연구기관의 역할과 효율적 운영에 대한 문제가 제기되자 정부는 1999년 연구회 체제를 출범하여 정부출연연구기관의 연구생산성 제고 및 경영혁신을 꾀하게 되었다. 이를 위해「정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」을 제정하여 정부출연연구기관의 설립·지원·육성과 체계적인 관리 및 책임경영에 관한 기본적인 사항을 명시했다. 연구회 체제의 도입으로 정부출연연구기관에 대한 자율성의 기반이 제공되었지만 동시에 연구기관에 대한 책임을 부여하기 위해 기관평가를 강화시켰으며, 기관평가를 통해 기관장 연봉 및 인건비 차등 지급 등 다음년도 예산과 연계 시켜 출연연구기관의 생산성을 제고시키려 했다. 2004년에 이르러 정부는 과학기술분야 3개 연구회 및 19개 소속 연구기관을 국가과학기술위원회로 이관하여 과학기술혁신체제와 정부출연연구기관의 육성·지원 업무를 연계시킴으로써 기술선진국 진입에 대비할 수 있는 기능을 효율적으로 수행할 수 있는 외형적 기반을 마련했다.

라. 정부출연연구기관 연구활성화 과제
정부출연연구기관의 연구활성화를 위해서는 ①정부출연연구기관별 핵심 연구분야를 발굴·기획하여 연구역량을 결집할 수 있는 연구환경을 조성하기 위해 연구기관별로 전문연구사업을 발굴·추진하고, 국내외 기술개발동향 등을 분석하여 강점기술분야에 대한 중장기 발전계획을 수립·시행해야 한다. ②성과중심의 연구관리체제로 변화하기 위해 외부의 우수 연구원을 유치·활용하고, 연구회 중심의 체계적인 연구성과 관리체제를 구축·지원하고, 우수한 연구성과를 거둔 연구자에 대해 파격적인 인센티브를 지급할 수 있게 한다. ③정부출연연구기관이 우수 이공계 인력의 저수지 역할을 할 수 있도록 임금피크제 도입, 안정적 인건비 보장, 계약직 연구자의 활용확대 등 인력 유동성을 확대해야 한다. ④연구회 중심으로 소관 정부출연연구기관 육성·지원체제가 정착될 수 있도록 연구회별 임무를 명확히 설정하고 이에 따라 연구회별로 차별적 육성정책을 추진해야 한다.

과학기술처·과학기술정책관리연구소,《과학기술처 출연연구기관 백서》, 1998

과학기술처,《과학기술 30년사》, 1997

과학기술처/과학기술부, 《과학기술연감》, 각 연도