물이용부담금제도는 4대강 물관리종합대책의 일환으로 오염총량제, 수변구역제도, 상수원지역 지원 및 토지매수제와 함께 시행된 제도이다. 동 제도는 상수원 보호를 위해 각종 규제를 받고 있는 상수원지역의 주민 및 자치단체에 대한 지원과 상수원 수질에 큰 영향을 주는 토지의 매입 등에 필요한 재원을 마련하기 위함을 목적으로 한다.

물이용부담금제도는 물자원의 절약과 효율적 배분을 위하여 ‘사용자부담원칙(The User Pays Principle)’에 따라 공공수역으로부터 취수된 원수를 직접 또는 정수하여 공급받는 최종사용자에게 물 사용량에 비례하여 부과한다. 물이용부담금의 톤당 요율은 환경부장관과 관계 시·도지사, 수자원공사 사장 등으로 구성되어 있는 수계관리위원회에서 결정되며 징수된 물이용부담금을 재원으로 4대강 수계별 수계관리기금이 설치되었고, 수계관리위원회가 동 기금을 관리하게 되었다.

1.수계관리기금
수계관리기금은 수질개선 및 상수원 보호를 위해 상수원 상류지역 지방자치단체의 수질개선사업비 지원, 규제지역 주민지원사업, 수변구역 토지매수 등에 사용된다. 1999년 8월 한강수계기금 설치를 시작으로 2002년 7월 까지 3대강 수계관리기금 설치가 마무리되었으며, 2003년부터 수계기금에 의한 수질개선사업과 주민지원사업이 본격적으로 시행되고 있다.
2006년 기준 4대강 수계에서 총 6,427억 원의 기금이 조성되어 주민지원사업에 1,320억 원, 토지매수사업에 1,711억 원, 환경기초시설 설치사업에 1,436억 원, 환경기초시설 운영비에 1,150억 원, 기타수질개선사업에 703억 원, 기금관리비 및 홍보사업비 등으로 107억 원이 사용되도록 계획되었다.

2. 수계관리위원회
수계관리기금을 관리하는 수계관리위원회는 4대강 유역관리를 위한 대표적 의사결정기구로서 다수의 자치단체가 걸치는 유역을 효율적으로 관리하기 위하여 수계별로 설치되었다. 수계관리위원회는 환경부장관을 위원장으로, 수계별로 관계 시도지사,한국수자원공사 사장 등 물관련 기관의 장을 위원으로 하여 구성된 공법인으로 수질개선을 위한 〈오염물질삭감계획〉, 물이용부담금의 부과 및 징수, 기금의 운용·관리, 토지매수, 〈주민지원사업 계획〉 및 민간수질감시활동의 지원에 관한 사항 등에 대한 협의 조정 기능을 수행한다. 

수계관리위원회는 주요 유역관리정책에 대하여 시·도지사로 하여금 관할지역 주민, 시민단체 등의 의견을 수렴하여 수계관리위원회에 참여함으로써 유역민들의 합리적인 의사가 반영되도록 하고 있다. 위원회는 또한 유역내 물문제 등에 대한 실무적인 검토 조정과 위원회 운영 등에 대한 전문적인 자문을 위하여 관계 시도 실무국장급으로 구성된 '실무위원회' 및 주민, 사회단체, 전문가 및 업체대표들로 구성된 '자문위원회'를 구성 운영하고 있다.

환경부 (http://www.me.go.kr)
《환경백서》, 2006