수산자원이 계속 감소함에 따라 국토해양부에서는 1998년부터 2010년까지 총 1,589억 원을 투자하여 동·서·남해에 해역별 특성에 맞는 바다목장 모델을 개발하고 점차 전 연안으로 확대해 나간다는 계획을 수립한 바 있다. 우선 1단계(1998년~2010년)에서는 국가가 사업주체가 되어 시범사업을 통해 바다목장화 사업 기반을 조성하고, 2단계(2005년~2014년)에서는 지자체가 사업주체가 되어 개발사업 형태로 추진하며, 3단계(2015년~2030년)에서는 어업인 및 민간기업이 참여하는 일반사업 형태로 추진하여 전 연안으로 확대한다는 것이다.

 
이러한 장기계획에 의하여 1998년부터 통영 바다목장화 사업을 시작하여 2001년에는 전남 다도해형 바다목장화 사업 후보지를 전남 여수로 선정하여 현재 추진 중에 있고, 2002년에는 동·서·제주 바다목장 시범사업 후보지를 선정했는데 전국 9개 시·도로부터 15개 후보지를 추천 받아 10개 예비후보지를 선정하였다. 그리고 2003년에는 10개 후보지에 대하여 후보지 선정을 위한 조사와 평가를 실시하여 최종적으로 동해안은 경북 울진, 서해안은 충남 태안, 제주도는 북제주군을 바다목장 시범사업지로 선정하였다.

바다목장화 사업이란 과학적으로 순치된 우량 수산종묘를 방류하여 해양환경을 자동적으로 조사하면서 지속적이고 안정적인 수산물 생산을 도모하기 위하여 울타리 없는 새로운 양식방법이라 할 수 있다. 즉 자연생태계의 조성을 포함하여 자원의 방류로부터 어획에 이르기까지 인위적으로 통제하고 관리하는 어업생산시스템이다. 이러한 바다목장화 사업은 인공어초 시설사업이나 수산종묘 방류사업과 같이 수산자원을 조성하고자 하는 같은 목표를 가지고 있으나 이들 사업에 비해서 더욱 엄격한 과학적 기초를 요구하고 있고, 정착될 경우 그 효과도 더 클 수 있다. 

지금까지 선정된 시범사업 대상지의 기본 추진방향을 보면, 통영과 여수는 자원증대가 유리한 해역으로서 바다목장 조성을 통하여 어로어업의 생산기반을 확충하는 어로형이 적합한 것으로 판단되고 있다. 동해안과 제주의 경우에는 해역의 특성상 어로형 보다는 레저관광형이 더 적합할 것으로 판단되고 있다. 서해안은 남해안보다는 못하나 바다목장을 통한 어로어업이 가능한 해역이며, 세계적으로 유명한 갯벌을 보유하고 있기 때문에 어로형과 갯벌체험관광을 병행한 어로관광형으로 하는 것이 바람직한 것으로 평가되고 있다.

해양수산부,《해양수산백서》 , 2004
해양수산부,《수산업 연차보고서》, 2006