학교보건사업은 학교보건서비스, 학교보건교육, 학교환경관리, 지역사회 연계와 같이 4가지로 분류된다.
첫째, 학교보건서비스는 건강평가와 예방사업이 있다. 건강평가란 신체검사, 구강검진, 신체계측, 위생상태점검, 교직자의 건강에 대한 사업을 말하며 예방사업에는 각종검사, 전염병 예방사업, 응급처치, 구강보건, 학교급식에 관한 것이 포함된다. 둘째, 학교보건교육은 정규적인 또는 계획적인 보건교육과 관련 교과목과의 연계된 보건교육, 실제 학교의 행사 또는 개인의 경험, 교실생활과 관련한 보건교육, 그리고 학생활동과 지역사회 활동을 통해 교육의 기회를 갖게 된다. 셋째, 학교환경관리는 교내외 환경 오염, 교지 선정, 교실크기, 정화구역 선정 등을 규정하고 있으며, 넷째, 지역사회와의 긴밀한 관계 속에서 자원의 활용이 필요하다.
그동안의 학교보건사업으로 1946년 최초로 결식아동을 위한 구호급식이 시작되었고, 1951년 제정된 “학생신체검사규정”에 의해 학생들의 발육과 건강상태를 파악하기 위한 체격, 체질(1955년) 및 체력검사(1958년)를 실시하였다. 이후 질병예방과 건강보호를 위한 결핵검진사업(1955년), 기생충검사 및 구충사업(1957년) 등이 실시되었다.
1967년과 1981년에 “학교보건법”과 “학교급식법”이 각각 제정되었고, 학교보건관리지침, 학생건강기록부운영 등이 일선학교에 시행되었다. 학교보건사업으로는 학생건강기록부작성(1970년), 학교방역사업 및 혈액검사사업(1971년), 학교환경개선을 위한 학교환경위생 정화사업(1975년), 학교급수의 위생관리(1977년), 구강보건사업(1979년), 조명·소음·진동 및 방음관리사업(1980년), 근시예방사업(1988년), 척추측만증 스크리닝 시범사업(1993년), 청소년 약물남용예방의 일환으로 청소년약물반응검사사업을 1996년부터 1998년까지 3년 동안 실시하였다.
국민건강증진법(1995년)에 의해 보건소 중심의 건강증진시범사업(1998년)이 시작되면서 학교가 건강증진사업의 대상이 되었다. 2006년 이후의 학교보건사업으로는 교육환경개선ESCO사업(2006년), 깨끗한 학교만들기사업(2007년), 친환경그린스쿨조성사업(2009년), 학교안전통합시스템사업 (2009년), 학교안전강화사업(2010년), 학생들의 맞춤체력증진을 위해 학생건강체력평가시스템(PAPS)을 도입하였고(2009년), 건강증진시범학교(2009~2010년), 건강증진연구학교(2010~2011년), 건강증진모델학교(2012) 등 혁신적인 사업이 시행되고 있다.